搜索到1070篇“ SSR-PCR反应体系“的相关文章
- 木本油料植物无患子SSR特征分析及SSR-PCR反应体系构建
- 2024年
- 无患子(Sapindus saponaria L.)是集生物柴油、药用、生态等多种用途于一体的经济型木本油料。本研究利用MISA软件挖掘了无患子叶片转录组中的SSR,对搜索到的SSR进行了特征分析,构建并优化了无患子SSR-PCR反应体系。结果表明,无患子叶片转录组共有Unigene条数目为52460条,其中含有SSR的Unigene有7014条,共检索到8654个SSR。经统计,SSR丰富度从二至六核苷酸依次减少,依次有4327、2669、634、208、161个。SSR长度范围在12~250 bp之间,长度小于等于15 bp的有3619个,均为二和三核苷酸;长度大于15 bp的有5035个,以二、三核苷酸居多。所有SSR共有435种不同重复单元。SSR不同类型重复基元频次分布在4~30次之间,主要分布在4~10频次,共有7090个SSR位点,占总频次的89.65%。SSR位点靶基因GO功能注释显示,无患子叶片转录组Unigene可分为3大类别51个小组;KEGG功能注释显示5大类别中,代谢通路占比最高为65.18%。通过对无患子SSR-PCR反应体系构建与优化,无患子SSR-PCR反应体系最佳组合为:循环次数37次、退火温度60℃、引物量2.0μL、DNA模板浓度为40 ng/μL。
- 周宵蒋丽娟李昌珠陈韵竹李培旺熊宇晴张路红盛克寨杨艳陈景震
- 关键词：木本油料植物EST-SSR功能注释PCR反应体系
- 芦笋SSR-PCR反应体系的优化及验证
- 2024年
- 以芦笋幼叶为材料,采用单因素与L1(643)正交试验相结合的方法,对影响芦笋SSR-PCR反应的3个因素(2×Taq Master Mix,模板DNA,引物)进行优化,并以此为基础通过退火温度和循环次数试验筛选引物最佳退火温度和循环次数。结果表明,芦笋基因组DNA的SSR-PCR最优反应体系为:10μL反应体系中,50 ng·μL^(-1) DNA模板0.125μL,10μmol·L^(-1)上下游引物各0.5μL,2×Taq PCR Mix 3μL,灭菌ddH2O 5.875μL。PCR扩增程序为:94℃预变性4 min;94℃变性30 s,60℃退火30 s,72℃延伸35 s,循环25次;72℃延伸10 min,4℃保存。经5对引物组合和5个不同芦笋品种DNA扩增验证,该体系稳定可靠,可用于芦笋遗传多样性分析、种子纯度鉴定、分子标记辅助育种及重要农艺性状的图位克隆等工作。
- 白扬仪泽会
- 关键词：芦笋SSR-PCR反应体系正交设计
- 中国沙棘SSR-PCR反应体系的优化及引物开发被引量：1
- 2023年
- 本研究旨在建立适宜中国沙棘(Hippophae rhamnoides subsp.sinensis)SSR-PCR的反应体系,以期为中国沙棘遗传多样性分析、种质资源鉴定等相关研究奠定基础。本研究以来自青海不同地区的中国沙棘野生种的150个植株为试验材料,采用单因素试验和L16(45)正交实验对影响中国沙棘SSR-PCR反应体系的因素进行优化。正交试验极差分析和方差分析结果均显示,影响中国沙棘SSR-PCR反应体系扩增效果的5个因素的主次顺序为缓冲液>dNTPs>引物>模板DNA>Taq DNA聚合酶。结合直观分析的评分结果,确定适用于中国沙棘的最佳SSR-PCR反应体系为0.8 U Taq DNA聚合酶、 2 mmol/L缓冲液、 1.5 mmol/L dNTPs、 0.5μmol/L引物、 25 ng模板DNA,加双蒸水至20μL;筛选出15对条带清晰、多态性丰富且重复性好的SSR引物。本研究可为中国沙棘的亲缘关系鉴定和分子遗传育种等研究提供科学依据。
- 刘青青马玉花李雄杰马福林高佩马亚琼杨开宇
- 关键词：中国沙棘SSR-PCR单因素试验正交试验
- 国槐SSR-PCR反应体系的建立与优化被引量：2
- 2022年
- 利用单因素试验结合L_(16)(4^(5))正交试验设计对国槐SSR-PCR反应体系中的5个主要影响因素(Mg^(2+)、引物、dNTPs、ExTaq酶、模板DNA用量)进行优化,确定最佳反应体系为(10μL):25 mmol/L Mg^(2+)1.0μL,2.5 mmol/L dNTPs 0.2μL,10μmol/L上下游引物共0.5μL,5 U/μL ExTaq酶0.05μL,30 ng/μL模板DNA 1.0μL,10×PCR Buffer 1.0μL,ddH_(2)O 6.25μL。随机挑选4对SSR引物和8个国槐种质对试验确定的最佳反应体系进行验证,均能获得清晰、稳定的条带。该优化反应体系的建立为利用SSR标记对国槐种质资源进行深入研究和利用奠定了基础。
- 张明静庞彩红李际红李双云付茵茵哈新英夏阳
- 关键词：国槐SSRPCR反应体系
- 海南省火焰兰SSR-PCR反应体系及其应用
- 本发明属于分子生物学技术领域，具体公开了一种海南省火焰兰SSR‑PCR反应体系，包括Primer‑F、Primer‑R、DNA聚合酶、DNA模板。本发明还公开了上述海南省火焰兰SSR‑PCR反应体系在海南省火焰兰SSR分...
- 赵慧琪任军方赵慧琳黄赛李栋梁张浪蔡嘉慧
- 苹果SSR-PCR反应体系的建立与优化被引量：2
- 2021年
- 为建立苹果属植物SSR-PCR反应优化体系,采用L16(45)正交实验和退火温度梯度实验,分析反应体系中使用的模板、引物、Mg2+、dNTPs以及Top Taq酶浓度对扩增产物的影响,并对这5个因素进行4个水平不同浓度梯度的筛选和优化。结果表明,引物浓度对SSR-PCR反应体系的影响最大,通过综合分析最终确定SSR-PCR的25μL最佳反应体系为:30~60 ng DNA模板,1.2μL正反向引物(5μmol/L),0.5μL dNTPs(2.5 mmol/L),0.5μL Top Taq酶(2.5 U/μL)以及2.5μL 10×Top Taq buffer(含Mg^(2+))。利用优化后的反应体系对蔷薇科苹果属的21种植物材料进行检测,实验结果表明扩增产物均在100~200 bp左右,可扩增出2~3个有效等位基因。通过优化反应体系中的各影响因素,建立了最佳的SSR-PCR反应体系,可为苹果属植物不同种群的遗传变异研究及亲缘关系的分子鉴定提供前期研究基础。
- 刘琳孙晓帅李乾范书臣时鸿迪马钧刘丹丹
- 关键词：苹果种质资源单因素试验
- 无芒雀麦SSR-PCR反应体系优化及其遗传多样性分析被引量：2
- 2021年
- 为分析无芒雀麦(Bromus inermis)遗传多样性及对其进行分子标记开发利用,采用正交设计建立SSR-PCR扩增最优体系,通过多态性、相似系数和聚类等分析方法对16份无芒雀麦种质材料的遗传多样性进行分析,结果表明:无芒雀麦SSR-PCR扩增最佳反应体系为:DNA 15 ng,Mg^(2+)3 mmol/L,dNTPs 0.25mmol/L,引物0.2μmol/L,Taq酶1 U。通过最佳体系从22对引物中筛选出6对引物,并对其进行扩增,共扩增出57条谱带,全部为多态性。材料间的遗传相似系数的变化范围为0.438~0.877,Nei’s基因多样性指数(h^(*))平均为0.3488,Shannon’s信息指数(I^(*))平均为0.5273,聚类分析将16份种质材料分为4个类群。无芒雀麦种质资源遗传多样性丰富,本研究建立的无芒雀麦SSR-PCR反应体系稳定可靠,可为无芒雀麦物种亲缘关系鉴定和分子遗传育种等提供科学参考。
- 于金田常巍高雪芹伏兵哲
- 关键词：无芒雀麦SSR分子标记
- 木麻黄SSR-PCR反应体系的建立与优化被引量：4
- 2021年
- 为得到木麻黄SSR-PCR反应的最佳体系,以4个种(短枝木麻黄、山地木麻黄、粗枝木麻黄、细枝木麻黄)的24个无性系为材料,采用L_(16)(4^(5))正交设计对影响木麻黄SSR-PCR反应的4个因素(Taq酶、dNTP、Mg^(2+)和引物)在4个水平上进行了优化,并利用直观分析和方差分析两种方法对PCR结果进行评价。结果表明:引物、Mg^(2+)和dNTP均对木麻黄SSR-PCR反应结果有极显著的影响(P<0.01),影响程度由大到小为:引物>Mg^(2+)>dNTP,而Taq酶对扩增结果无显著影响;确定了两种木麻黄SSR-PCR反应体系(体系6和体系15),体系6为1×PCR buffer、2ng模板DNA、0.5μmol·L^(-1)引物、1.5 mmol·L^(-1) Mg^(2+)、0.1 mmol·L^(-1) dNTP、0.5 U Taq酶;体系15为1×PCR buffer、2ng模板DNA、0.5μmol·L^(-1)引物、1.75 mmol·L^(-1) Mg^(2+)、0.2 mmol·L^(-1) dNTP、1.25 U Taq酶,反应体系共10μL,不足部分用ddH2O补足。从节约成本和降低非特异性产物的角度考虑可将体系6作为最佳体系,体系15为备用体系;本试验所选荧光引物M26、M36的退火温度在52~62℃均可扩增出清晰明亮的条带。为简化操作步骤和减少非特异性产物,可选择60℃作为引物M26、M36的最佳退火温度。
- 李振李振仲崇禄张勇魏永成
- 关键词：木麻黄SSR-PCR反应体系正交设计
- 铁线莲属植物SSR-PCR反应体系的建立与优化被引量：1
- 2021年
- 为对铁线莲进行反应体系的建立和优化,本实验采用了CTAB法提取铁线莲的DNA,然后以各条引物的Tm温度为参照,设置3个温度梯度,来筛选退火的最佳温度。同样设置浓度梯度筛选出DNA模板的最适浓度,最后用最佳反应体系和反应程序对100条引物进行筛选。测得最佳体系中加入0.5μL DNA,并且确定了各个引物的最佳退火温度,在此基础上选出10号、15号、30号、46号、96号和100号6个多态性良好的引物,为下一步的铁线莲种质遗传多样性分析打下基础。
- 李勇慧于相丽周晓君
- 关键词：铁线莲属SSR引物筛选
- 元宝枫SSR-PCR反应体系优化及引物筛选被引量：4
- 2021年
- 本研究采用改良的CTAB法提取元宝枫基因组DNA,并使用L16(45)正交试验设计。通过5因素4水平实验,筛选Taq DNA聚合酶、dNTPs、引物浓度、Mg2+、模板DNA浓度及其用量,建立并优化元宝枫(Acer truncatum)的最佳SSR-PCR反应体系,即总体积20μL,Taq DNA聚合酶、dNTPs、引物、Mg2+和模板DNA浓度分别为1 U/20μL、0.2 mmol/L、0.6 mmol/L、1.25 mmol/L和75 ng/20μL。扩增实验结果表明,该反应体系稳定性较好,可重复性高,具有较好的分辨率。可从59对引物中筛选出14对适用于元宝枫并具有较明显的多态性的SSR引物,为进一步研究元宝枫的分子标记辅助育种、SSR遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了良好的基础。
- 燕丽萍王因花吴德军任飞李庆华姚俊修
- 关键词：元宝枫正交设计引物筛选
