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基于16S rDNA序列分析胃肠外营养相关性胆汁淤积症早产儿肠道微生态和肠-肝轴的研究被引量：1: 2024年; 目的旨在研究胃肠外营养相关性胆汁淤积症(PNAC)早产儿的肠道微生态特征和肠-肝轴在PNAC发病中的作用。方法采用前瞻性研究收集2020年5月1日至2022年12月31日在中山市人民医院新生儿监护室收治的早产儿,住院期间曾接收14d以上的胃肠外营养治疗。实验组为13例患有PNAC的早产儿,对照组为24例未患PNAC的早产儿。对两组患儿不同日龄的粪便中肠道菌群的DNA情况采用16S rDNA序列分析技术进行测定。同时检测两组早产儿不同日龄血清血炎症细胞因子包括降钙素原(PCT)、白细胞介素6(IL-6)水平和肝胆生化变化,通过统计学分析组间差异。结果实验组与对照组生后第1、7和14d的肠道菌门构成比的差异无统计学意义(χ_(D1)^(2)=0,χ_(D7)^(2)=1.06,χ_(D14)^(2)=6.98,P均>0.05),生后第30d的肠道菌门构成比的差异有统计学意义(χ_(D30)^(2)=16.29,P<0.05);对比两组出生后不同日龄肠道菌门的相对丰度,结果显示两组在生后第7d厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门相对丰度的差异无统计学意义(t值分别为0.69、2.00、2.00,P均>0.05);两组在生后第14d厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门相对丰度的差异均有统计学意义(t值分别为15.41、24.74、6.64,P均<0.05),两组在生后第30d厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和放线菌门相对丰度的差异有统计学意义(t值分别为37.88、25.88、34.63、33.36,P均<0.05),提示在生后第14d和第30d实验组厚壁菌门相对丰度低于对照组,实验组拟杆菌门、变形菌门的相对丰度均高于对照组。对比两组动态的肝胆生化和炎症指标,结果显示,血清谷丙转氨酶(ALT)、总胆红素(T-BIL)、直接胆红素(D-BIL)、总胆汁酸(TBA)、γ-谷氨酰转肽酶(γ-GT)水平上,实验组在生后第14d、第30d和第60d血清ALT、T-BIL、D-BIL、TBA、γ-GT水平高于对照组,通过统计学分析,我们发现组间差异具有统计学意义(P均<0.05);实验组血清PCT、IL-6水平在�; 杨秀芳曾柳钰郑铠军邹梅玲陈康施尚文丁俊彩杨仙姬; 关键词：炎症指标早产儿胃肠外营养胆汁淤积

基于rDNA序列分析的3种丛枝菌根真菌分子鉴定方法比较被引量：2: 2023年; 【目的】比较基于rDNA序列分析的3种丛枝菌根(AM)真菌分子鉴定方法,为提高AM真菌在种水平分子鉴定的准确性提供参考。【方法】对从柑橘和甘蔗等广西地区主要作物的根际土壤中分离出的AM真菌菌株(编号为A6、B3和GY3-1)进行形态学鉴定,再通过巢式PCR分别扩增AM真菌的18S rDNA、28S rDNA及含ITS1、5.8S rDNA和ITS2的序列(简写为ITS1+5.8S+ITS2),分别将其测序结果与GenBank数据库进行比对,并构建系统发育进化树,再结合形态学鉴定结果比较基于3个rDNA序列分析分子鉴定方法的准确性。【结果】菌株A6、B3和GY3-1的形态特征分别与幼套近明球囊霉(Claroideoglomus etunicatum)、黏质隔球囊霉(Septoglomus viscosum)和摩西斗管囊霉(Funnelifor-mis mosseae)一致。基于18S rDNA序列,将菌株A6鉴定为近明球囊霉属(Claroideoglomus),菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉(F.moessae),菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉(S.viscosum)。基于28S rDNA序列,将菌株A6鉴定为幼套近明球囊霉(C.etunicatum),菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉(S.viscosum),菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉(F.moessae)。基于ITS1+5.8S+ITS2序列,将菌株A6鉴定为幼套近明球囊霉(C.etunicatum),菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉(S.visco-sum),菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉(F.moessae)。而综合3种分子鉴定结果,菌株A6、B3和GY3-1分别鉴定为幼套近明球囊霉(C.etunicatum)、黏质隔球囊霉(S.viscosum)和摩西斗管囊霉(F.mosseae)。【结论】3种方式均可用于AM真菌的在种水平上的分子鉴定,以18S rDNA与28S rDNA为主的鉴定方法相对简单且快速,更适用于对AM真菌在属水平的鉴定;以ITS1+5.8S+ITS2为主的鉴定方法步骤较繁琐,但鉴定至种水平的准确性较高。3种方法的分析结果在一定程度上可互相补充,加强对AM真菌分子鉴定结果的准确性。; 农颖杰卢昱帆许诗萍高日芳宋娟张金莲韦翔华陈廷速; 关键词：丛枝菌根真菌 RDNA 分子鉴定

猪链球菌的分离鉴定及16S rDNA序列分析被引量：4: 2021年; 为明确导致新疆某猪场猪急性死亡的病原菌,试验对采集的猪病变淋巴结、肺脏进行病原菌分离培养、形态观察、16S rDNA测定、生化鉴定、药敏试验以及PCR血清型鉴定。将该分离株与国内外13株分离株构建系统进化树进行比对分析。结果显示:分离菌株镜检观察为革兰氏阳性长链状球菌,具有β溶血性,可发酵大多数糖类,符合猪链球菌的生化特性;分离菌株16S rDNA序列与猪链球菌标准菌株ATCC 43765 (GenBank登录号:NR_115737.1)同源性为100%;采用PCR方法对分离菌株进行血清型鉴定扩增出约390 bp的荚膜血清9型特异性条带。分离菌株对林可霉素、多西环素、青霉素钠、环丙沙星、头孢噻呋、氟苯尼考、替米考星、氧氟沙星、磺胺嘧啶钠、硫酸黏菌素、氨苄西林钠11种药物敏感,对四环素、庆大霉素、阿莫西林表现耐药。研究表明,分离株为猪链球菌,荚膜血清9型,命名为XJS9。; 周婷婷李媛任立松侯凤贺笋张飞; 关键词：猪链球菌

基于16S rDNA序列分析天疱疮患者皮肤菌群的变化被引量：2: 2021年; 目的采用16S rDNA测序技术研究寻常型天疱疮(PV)患者皮肤菌群多样性。方法收集杭州市第三人民医院皮肤科10例PV患者及10例健康对照,取皮损旁(PV组)及对侧无皮损处皮肤菌群样本(PVn组),正常对照组取相应部位菌群样本。采用16S rDNA扩增子测序技术,对所有样本的菌群基因进行测序与分类,通过Usearch软件对数据聚类分析,得到可操作分类单元(OTU),获得门、纲、目、科、属水平的物种丰度。以Observed species指数、Shannon指数和Simpson指数等反映α多样性,使用主坐标分析法(PCoA)分析β多样性。采用线性判别分析效应量(LEfSe)分析比较各组的差异物种。利用PICRUSt软件进行基因功能预测。2组非参数检验采用Wilcoxon秩和检验,3组间非参数检验采用Kruskal Waills检验。结果注释到门、纲、目、科、属的OTU分别有2002、1869、1751、1611、1120个,3组均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为主,在属水平上,PV组及PVn组葡萄球菌属丰度最高,正常对照组为棒状杆菌属。α多样性分析显示,3组间Observed species指数、Shannon指数、Simpson指数差异均有统计学意义(均P<0.05),PV组Shannon指数(3.24±1.30)和Simpson指数(0.70±0.19)均低于正常对照组(P<0.05)。PCoA分析显示,3组间β多样性差异无统计学意义(P=0.054)。秩和检验显示,3组间丰度差异有统计学意义的物种共32个,其中相对丰度较高的有富集于PV组的芽孢杆菌纲及富集于正常对照组的微球菌属、短波单胞菌属等。按病程<3个月、≥3个月分组,PV长病程组中富集的物种有梭状芽孢杆菌目、颤杆菌属及鞘氨醇单胞菌属等;短病程组γ变形菌纲富集。功能预测显示,与感染性疾病相关的基因功能富集于天疱疮组。结论16S rDNA测序技术应用于天疱疮微生物组学研究,证实PV皮肤菌群多样性及组成结构与正常人存在一定差异。; 李丽莉孙秀坤沈宏; 关键词：天疱疮葡萄球菌属皮肤菌群

16S rDNA序列分析法在注射剂微生物污染鉴定及溯源分析中的应用被引量：8: 2020年; 目的对一次注射剂无菌检查阳性结果进行溯源。方法采用16S rDNA序列分析法对污染菌A1和污染调查中采集的16株葡萄球菌进行鉴定和同源性分析,并将分析结果用脉冲场凝胶电泳进行验证。结果A1的鉴定结果为科氏葡萄球菌;科氏葡萄球菌科氏亚种菌株的核糖体16S亚基序列完全相同;结合PFGE分析显示A1来自无菌检查使用的隔离器污染。结论制药企业可以使用16S rDNA序列分析法进行生产和检验中污染菌的鉴定和溯源,但对于与如科氏葡萄球菌科氏亚种一样核糖体16S亚基序列完全相同的菌株,需要结合其他同源性分析方法进行最终的判定。; 孙雪奇陈婕秦力杨小蓉袁军; 关键词：微生物污染同源性分析葡萄球菌 PFGE

基于16S rDNA序列分析骨质疏松大鼠肠道菌群结构变化及固本增骨方的调控机制被引量：17: 2019年; 目的:通过16S rDNA序列分析探讨骨质疏松模型大鼠肠道菌群结构的多样性特征及固本增骨方作用的靶点菌种。方法:将48只Wistar雌性大鼠,随机分为造模组(40只)和空白对照组(8只),造模组采用去卵巢法复制骨质疏松模型,造模成功后随即分为模型对照组、戊酸雌二醇组、固本增骨方(高、中、低剂量)组,每组8只。固本增骨方高、中、低剂量组给予固本增骨方(9.2、4.6、2.3g/kg)灌胃,空白对照组和模型对照组以等剂量0.9%氯化钠溶液灌胃,戊酸雌二醇组按90μg/kg给予戊酸雌二醇灌胃,16周后收集大鼠粪便,提取并检测粪菌总DNA,16sRNA扩增子测序,对标本中的细菌16S rRNA V3-V4进行定性分析、OUT分析、16S功能基因预测分析。结果:与空白对照组比较,模型对照组大鼠肠道菌群的多样性增加;与模型对照组比较,戊酸雌二醇组和固本增骨方高、中、低浓度组可调节厚壁菌门、螺旋菌门及Candiadatus Soleaferrea的相对丰度;固本增骨方高剂量组在翻译、细胞壁的生物合成、细胞运动、复制和修复、能源生产与转化等功能方面显著性增高。结论:卵巢切除大鼠诱导骨质疏松模型中,肠道微生态失衡可能为绝经后骨质疏松症的发病机制之一;固本增骨方对肠道菌群具有调节作用,通过"健脾补肾"之效应机制发挥对PMOP的防治作用。; 巩彦龙董万涛宋敏董平黄凯文浩楠海云翔; 关键词：RDNA序列分析骨质疏松肠道菌群

基于16S rDNA序列分析骨质疏松大鼠肠道菌群结构变化及固本增骨方的调控机制: 目的：通过16S rDNA序列分析探讨骨质疏松模型大鼠肠道菌群结构的多样性特征及固本增骨方作用的靶点菌种. 方法：将48只Wistar雌性大鼠,随机分为造模组(40只)和空白对照组(8只),造模组采用去卵巢法复...; 巩彦龙董万涛宋敏董平黄凯文浩楠海云翔; 关键词：骨质疏松实验药理肠道菌群

基于线粒体12S rDNA序列分析岩扇贝与国内主要经济扇贝的亲缘关系: 2018年; 应用PCR扩增和测序技术获得了引进种岩扇贝(Crassadoma gigantea)及我国主要经济扇贝:虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和海湾扇贝(Argopecten irradians)的12SrDNA全序列,并进行了相关分析。结果表明,四种扇贝12SrDNA的序列长度在906~964bp之间,其A+T含量在50.57%~56.77%之间;单倍型数、多态性位点数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别在2~3、2~3、0.264~0.623、0.000 75~0.002 07和0.427~1.882之间,均表现出较低的遗传多样性水平;种间遗传距离在0.079~0.306之间,其中虾夷扇贝与栉孔扇贝的遗传距离最近,其次是岩扇贝与虾夷扇贝,而岩扇贝与海湾扇贝的遗传距离最远,并且系统进化树分析结果显示虾夷扇贝先与栉孔扇贝聚为一支,再与岩扇贝进行聚类,而海湾扇贝则与其它扇贝聚为另一个单系群,进一步阐明了四种扇贝间的亲缘关系。; 廖德杰童金苟周颖俞小牧付北德曹善茂刘阳王潇; 关键词：RDNA 亲缘关系

一株猪源屎肠球菌16S rDNA序列分析及种特异性PCR鉴定被引量：2: 2017年; 为了分离有研究价值的益生菌,从健康仔猪粪便中分离到1株疑似乳酸菌,通过16S rDNA序列分析、种特异性PCR检测,最终确定为屎肠球菌。分离菌在益生菌饲料添加剂方面存在潜在的研究价值。; 付强程立坤付石军苗立中王艳沈志强; 关键词：RDNA

16S rDNA序列分析法鉴定鸡源肠道乳酸菌被引量：5: 2016年; 从北京郊区某散养鸡场健康成年鸡肠道中分离纯化得到12株未知菌,分别提取DNA,采用16S rDNA扩增通用引物,经PCR扩增后,测定其16S rDNA序列,测序结果与Gen Bank数据库中的序列作对比,根据序列相似性,利用MEGA软件,对12株未知菌序列构建进化树。经鉴定5株为乳酸杆菌、3株为唾液乳杆菌、2株为肠球菌、1株为罗伊氏乳杆菌及1株为葡萄球菌。结果表明,16S rDNA序列分析技术与传统方法相比具有简便和快速等优点,提高鉴定效率,可进行乳酸菌种级水平鉴定,适合用于实验室内对乳酸菌的鉴定。; 向双云周珍辉关文怡张浩段素云马建民; 关键词：RDNA 乳酸菌

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