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云南部分地区猪流行性腹泻病毒M和ORF3基因的遗传进化分析: 2024年; 【目的】了解2022—2023年云南部分地区猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株变异及遗传进化情况。【方法】从云南多个地区的9家猪场采集125份疑似感染PEDV的猪小肠组织、粪便和肛拭子,提取病毒核酸后,采用RT-PCR方法进行病原检测,扩增PEDV阳性样品M和ORF3基因并测序,与GenBank中PEDV参考毒株进行比对分析,利用生物信息学软件构建遗传进化树,分析核苷酸序列和氨基酸序列的同源性。【结果】来自5家猪场的49份样品呈PEDV阳性,阳性率为39.2%(49/125);猪轮状病毒(porcine rotavirus,PoRV)阳性率为11.2%(14/125);PoRV与PEDV混合感染率为10.4%(13/125);未检测出猪传染性胃肠炎病毒(porcine infectious gastroenteritis virus,TGEV)和猪德尔塔冠状病毒(porcine delta coronavirus,PDCoV)。与经典疫苗株CV777相比,10株PEDV毒株的M基因和ORF3基因均出现核苷酸和氨基酸突变。M基因同源性分析结果显示:10株毒株均为GⅡ型,其中YNQJF4-6和YNQJF4-7与中国的AJ1102、GD-A、LC株亲缘关系较近,其余8株与GD S07亲缘关系较近;M基因株间核苷酸同源性为96.9%~100.0%,存在多处碱基突变。ORF3基因同源性分析结果显示:株间核苷酸同源性为95.6%~100.0%,氨基酸序列主要有5个氨基酸突变位点,无氨基酸插入或缺失现象。与DR13和JS2008的ORF3蛋白氨基酸序列进行比对发现:10株毒株未出现氨基酸连续大片段缺失的现象,流行的PEDV多为强毒株,M基因和ORF3基因均出现不同程度的突变,提示这些毒株在流行过程中不断出现变异。【结论】云南猪群出现GⅡ型为主的强毒株,急需研制针对变异株的疫苗,降低其带来的经济损失。; 冉李燕赵筱张梅张文朱培英罗林宝李文贵彭洁; 关键词：M基因 ORF3基因遗传进化分析

ORF3基因自然截短的猪流行性腹泻病毒弱毒株及其应用: 本发明公开了一株ORF3基因自然截短的猪流行性腹泻病毒弱毒株，其保藏编号为CCTCC NO：V202409。本发明弱毒株的ORF3基因由于核苷酸缺失，导致翻译提前终止，弱毒株保留了ORF3自然截短的基因特点。遗传进化分析...; 欧阳康陆颖卢峥朴曾德平覃一峰张胜斌尹业师何家康陈樱韦祖樟黄伟坚

2020—2021年我国部分地区猪流行性腹泻病毒S1、M和ORF3基因遗传进化分析被引量：3: 2023年; 为了解2020—2021年我国部分地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株变异及遗传进化情况,试验从多个地区的51家猪场采集340份疑似感染PEDV的猪小肠组织、粪便和肛拭子,提取病毒核酸后采用RT-PCR方法扩增S1、M和ORF3基因并测序,与GenBank中PEDV参考毒株进行比对分析,利用生物信息学软件构建遗传进化树,分析核苷酸序列同源性及氨基酸序列。结果表明:共获得57份PEDV阳性样品,来源于14家猪场,猪场阳性率为27.5%,并对从阳性猪场获得的14株毒株进行命名。与经典毒株CV777相比,14株PEDV毒株的S1、M和ORF3基因均出现不同程度的氨基酸突变。在14株毒株的S1基因中,Heyuan2021-7毒株位于G1-2分支,其余13株位于G2分支,14株毒株与参考毒株GD-A核苷酸序列的相似性较高,为89.3%~99.9%,存在多处氨基酸的缺失和插入。在M基因中,14株毒株位于G2分支且与参考毒株FR-001核苷酸序列的相似性为98.1%~99.7%,只存在氨基酸突变。在ORF3基因中,FC2021-1、GDzq2020-12、GDmm^(2)021-1和GDjm-DG-2021-12毒株位于G1-2分支,其余10株位于G2分支,14株毒株与参考毒株VN-JFP1013核苷酸序列的相似性为95.4%~99.3%,同源性较高,只存在氨基酸突变。说明2020—2021年我国部分地区流行的PEDV毒株有G1型和G2型毒株,其S1基因较M和ORF3基因突变程度更大,PEDV的流行情况相对复杂。; 熊谋康梁太润刘献辉王志朋王爽云刘燕玲张乐宜宋长绪; 关键词：S1基因 M基因 ORF3基因

贵州省部分PEDV流行株ORF3基因克隆与遗传进化分析: 2023年; 为探究贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的遗传进化情况,对2017—2022年贵州省不同地区13份PEDV阳性腹泻样本进行ORF3全基因扩增、克隆、测序,使用DNAstar、MEGA 7.0软件,对所得序列核苷酸和氨基酸同源性以及突变和遗传进化情况进行分析。结果显示:13份PEDV阳性样品的ORF3基因序列全长均为675 bp,编码224个氨基酸;13条克隆序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.1%~100%和96.4%~100%;13条克隆序列与经典毒株CV777株ORF3基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.9%~97.3%和94.7%~96.4%,同源性较低;与经典毒株CV777株相比,13条克隆序列在G160A、C243T、C274T、G301A、C450T、A497G存在相同的核苷酸突变,存在4个相同的氨基酸位点突变(V21A、V54I、A101T、N166S);13条克隆序列所在毒株在遗传进化上全部属于GⅡ型,其中GZ220514、GZ342、GZ224、GZ219、GZ423隶属于GⅡb亚型,GZ210112、GZ210129、GZ210220、GZ210714、GZ407、GZ210525、GZ330、GZ370属于GⅡa亚型(表明13份PEDV阳性样品所含毒株均为变异毒株);同一基因型的PEDV毒株ORF3基因相对较保守,但不同基因型差异较大;对所有参比株ORF3基因推导的氨基酸序列与CV777株进行比对,分析认为可以将25S、70V/F、80F、107F/V/L氨基酸突变模式作为GⅡa亚型的分子标记。本试验为分析贵州省PEDV流行以及遗传变异情况提供了参考,并丰富了贵州省PEDV ORF3基因序列。; 万娟梁海英曾智勇汤德元王彬张婧旭柳佳佳边孟婷黄书潘向英田红利; 关键词：猪流行性腹泻病毒 ORF3基因遗传进化分析

2020年~2021年河北省4种猪腹泻病毒流行情况调查及PEDV分离株S1和ORF3基因序列的遗传变异分析被引量：15: 2023年; 为初步调查河北省近年4种猪腹泻相关病毒的流行情况,本研究于2020年~2021年从河北省部分地区猪场采集244份腹泻猪粪便或肠组织样品,采用荧光定量PCR(qPCR)检测4种猪腹泻相关病毒[(猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪轮状病毒(PoRV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)];采用RT-PCR扩增部分PEDV阳性样品S1和ORF3基因并测序,利用DNAStar软件分析这两个基因及其编码氨基酸序列与PEDV相应序列的同源性;采用MEGA 7.0软件构建这两个基因的进化树,分析PEDV的基因型及其遗传进化关系。采用DNAStar比对这两个基因编码的氨基酸序列,分析其氨基酸序列的变异情况。结果显示:病料样品中PEDV、PoRV、PDCoV和TGEV检出率分别为34.02%(83/244)、18.44%(45/244)、10.66%(26/244)和2.87%(7/244)。样品中两种病原混合感染较多,其中PEDV+PoRV和PEDV+PDCoV检出率最高,分别为8.61%(21/244)和2.46%(6/244);仅2份样品为PEDV+PDCoV+PoRV三重感染,占0.81%(2/244)。8株PEDV S1和ORF3基因序列之间的同源性分别为98.2%~99.8%和97.3%~99.6%,氨基酸序列同源性分别为97.4%~100.0%和96.9%~99.2%,且二者均与国内流行变异株(如AJ1102、AH2012和CHGX株)的同源性更高(分别为97.7%~98.9%、97.2%~98.4%和98.3%~99.7%、97.4%~99.3%)。PEDV S1基因的系统进化树结果显示,5株PEDV为GII-a亚型,3株PEDV为GII-b亚型,且均与PEDV变异株亲缘关系较近;PEDV ORF3基因进化树结果显示,8株PEDV均与上述PEDV变异株所属分支亲缘关系较近。以上结果表明,本研究检测的8株PEDV均属于变异株。S1和ORF3氨基酸序列比对结果均显示,部分PEDV与其参考株相比存在独特的变异,其中HeB-QHD、HeB-HD和HeB-TS PEDV的S1存在N^(139)D、I^(289)M和A^(363)T/S变异;HeB-HD和HeB-BD的ORF3存在Q^(202)H等变异。上述结果表明,PEDV和PoRV是导致河北省仔猪腹泻的主要肠道病毒,且该省PEDV流行株主要为GII基因型,且同时存在GII-a和GII-b亚型PEDV的流�; 王挺李风云葛生虎刘慧芳

戊型肝炎病毒ORF3基因功能研究进展被引量：1: 2023年; 戊型肝炎(Hepatitis E,HE)是由戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)感染引起的急性人兽共患传染病。HEV基因组包括2个短的非编码区,3个开放阅读框(ORF1,ORF2和ORF3)。ORF1主要编码RNA复制相关的甲基转移酶、RNA解旋酶等几个比较保守区域的非结构蛋白;ORF2编码衣壳蛋白,含重要中和表位,可与受体结合,与跨物种传播和免疫原性有关。ORF3编码磷酸化蛋白与细胞骨架结合的蛋白,可与细胞骨架结合。本文综合近年对HEV的ORF3研究进展,如分子生物学方面,可基于ORF3分析其基因序列的同源性;生物学作用方面ORF3能在细胞的信号转导、病毒颗粒的装配与释放以及机体的免疫抑制方面发挥作用;在HEV感染中,ORF3蛋白与ORF2蛋白共同影响病毒颗粒的装配与释放;基因工程疫苗研究方面,ORF3可参与研制亚单位重组疫苗、合成肽疫苗等进行简要阐述。; 冉李燕施徐森朱培英李文贵; 关键词：戊型肝炎病毒 ORF3基因致病机制人兽共患传染病免疫抑制

猪流行性腹泻病毒德州株的分离鉴定及ORF3基因遗传进化分析被引量：1: 2022年; 为了分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的ORF 3基因遗传情况,本试验采集患有腹泻仔猪的小肠组织内容物样品12份,通过病毒分离、形态学观察、反转录PCR(RT-PCR)方法和间接免疫荧光(IFA)试验进行PEDV鉴定,并分析分离株的ORF 3基因核苷酸序列。结果显示,分离得到1株PEDV,命名为德州株(JIAOZUO101),该毒株的ORF 3基因与GenBank中登录的20株PEDV参照株ORF3基因核苷酸序列的同源性介于97.6%~99.9%,与Jiangxi 2017株、Henan 2015株位于同一支且遗传距离较近,其同源性介于99.3%~99.9%,与其他参考株的遗传距离较远;德州株(JIAOZUO101)的ORF 3基因序列中只是个别碱基发生变化,未发生明显变异。结果表明,分离获得PEDV德州株(JIAOZUO101)的ORF 3基因序列与Jiangxi 2017株、Henan 2015株同源性较近,且未发生变异情况。本试验为进一步研究PEDV的流行病学提供分子生物学依据。; 张荣武; 关键词：仔猪猪流行性腹泻病毒

鉴别猪流行性腹泻病毒ORF3基因截短株常规PCR及双重荧光PCR方法的建立及初步应用被引量：2: 2022年; 猪流行性腹泻(PED)是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的一种以水样腹泻、呕吐和脱水为主要特征的猪急性肠道传染病。PEDV细胞适应性毒株与其他毒株之间的区别主要发生在ORF3基因,该基因的缺失可作为病毒适应细胞的标志。本实验室前期分离获得了1株广西自然截短的PEDV毒株17GXCZ-1ORF3d,为更好地鉴别不同类型毒株,本研究建立了可鉴别PEDV ORF3基因自然截短株的常规PCR以及双重荧光PCR检测方法。结果显示,2种方法均能鉴别PEDV ORF3基因截短株,且特异性好。另外,双重荧光PCR的检测下限为10^(0.59) PFU/mL,比所建立的常规PCR方法灵敏100倍,敏感性高。对收集的221份临床样品进行初步应用,常规PCR检出126份阳性样品,其中鉴别出14份ORF3基因截短株单独感染样品,而双重荧光PCR检出阳性样品145份,同样鉴别出14份ORF3基因截短株单独感染样品。本研究建立的2种PCR方法特异性强、灵敏度高、重复性好,对PEDV ORF3基因截短株的快速鉴别与检测具有重要意义。; 杜琛廖梦娟曾德平唐桂浩闭云贵柏家果陆颖速雪丽陈樱韦祖樟黄伟坚欧阳康; 关键词：猪流行性腹泻病毒 ORF3基因

猪流行性腹泻病毒湖南分离株ORF3基因克隆与遗传进化分析: 2021年; 为了解湖南省猪流行性腹泻病毒基因变异情况,研究应用RT-PCR技术对湖南某猪场暴发疑似感染PEDV腹泻仔猪中提取肠道病料组织样品进行研究,同时对病原ORF3基因序列进行扩增与分析。结果显示,12份样品中有3份检测为PEDV阳性,其ORF3基因序列均为675 bp,无碱基插入或缺失,仅出现个别碱基突变,其与我国流行的PEDV变异株核苷酸序列同源性分别为98.8%~99.9%,但与PEDV疫苗株(CV777)同源性相对较低,仅为95.4%~96.3%;系统进化树分析结果显示此次研究的PEDV分离株与我国流行的PEDV变异株聚为同一分支,与疫苗株所处分支相隔较远。研究结果表明该猪场发生了PEDV变异株的流行,相关防治措施需尽快实施。; 廖帆杨雅娣谭磊; 关键词：猪流行性腹泻病毒 ORF3基因基因型鉴定进化分析

基于ORF3基因检测猪流行性腹泻病毒荧光定量RT-PCR方法的建立与应用被引量：11: 2021年; 为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)的荧光定量RT-PCR检测方法,本研究参照已有的研究报告,对PEDV ORF3基因序列进一步比较优化,选择PEDV ORF3更为保守的序列设计引物,经PCR扩增目的片段后构建了PEDV ORF3基因的重组质粒标准品pMD18-T-ORF3,以其为模板,经反应条件优化,建立了基于PEDV ORF3基因的SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。结果显示,以重组质粒标准品构建的标准曲线的相关系数为0.9982,Ct值与质粒标准品在102拷贝/μL~1010拷贝/μL范围内具有良好的线性关系。该方法除对PEDV检测结果为阳性外,对猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪德尔塔冠状病毒、猪圆环病毒3型和猪繁殖与呼吸道综合征病毒核酸扩增结果均为阴性,特异性强;该方法对重组质粒标准品的检测下限为102拷贝/μL,比普通RT-PCR灵敏100倍,敏感性高;批内和批间重复试验的变异系数均小于5%,重复性好。临床样品的检测结果显示,本研究建立的荧光定量RT-PCR检出阳性样品22份,而常规RT-PCR仅检出16份阳性样品,二者的符合率为82.86%。本研究建立的荧光定量RT-PCR方法特异性强、灵敏度高、重复性好,对PEDV的快速及定量检测具有重要意义。; 冉伟田宇李梓健张金悦赵飞宇李璐孔凡志孙东波; 关键词：猪流行性腹泻病毒荧光定量RT-PCR ORF3基因

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