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- 一种预测蛋白质-配体结合亲和力的方法和装置
- 本发明公开基于距离和原子接触数预测蛋白质‑配体结合亲和力的方法和装置,包括:获取蛋白质‑配体结合亲和力的数据集,其中,所述数据集包括:蛋白质受体的原子信息和配体的原子信息;按照预设的原子类型对所述数据集中蛋白质‑配体复合...
- 杨雍逍
- 基于铜盐与双功能配体结合的醇氧化催化体系及氧化方法
- 本发明公开了一种基于铜盐与双功能配体结合的醇氧化催化体系,由以下过程制备得到:首先通过胺醛缩合反应和硼氢化钠还原反应制得N,N,N‑三甲基乙二胺与吡啶、噻吩或苯结合的含N有机分子,然后通过亲核取代反应合成含TEMPO和上...
- 钟伟黄梓颖
- 一种包含连接基、螯合剂、配体结合实体的化合物、其制备方法及其用途
- 本发明涉及一种包含连接基、螯合剂、配体结合实体的化合物、其制备方法及其用途。具体涉及一种靶向PSMA抗原的配体化合物及其螯合物,所述化合物及其螯合物用于前列腺癌的诊断和治疗的应用。
- 曾绍梅高翔唐军孟江张毅杨旭东池哲鑫何权鸿曾尤之
- 一种基于跨通道融合的多模态蛋白质-配体结合亲和力预测方法
- 本发明公开了一种基于跨通道融合的多模态蛋白质‑配体结合亲和力预测方法,旨在提高蛋白质‑配体结合亲和力的预测性能。具体包括:构建蛋白质‑配体复合物结构和亲和力标签;数据预处理,提取残基序列,构建蛋白质口袋残基图、配体分子图...
- 周国强秦宇科张卫丰张迎周王子元
- 基于门控注意力机制的靶标-配体结合亲和力的深度学习预测方法
- 本发明涉及基于门控注意力机制的靶标‑配体结合亲和力的深度学习预测方法,属于计算机辅助药物设计技术以及生物和药物信息学领域。深度学习模型从配体的SMILES字符串和蛋白质的氨基酸序列开始,然后分别转换为配体矩阵和蛋白质矩阵...
- 刘奇磊都健赵雨靓张磊吴心远孟庆伟
- 应用深度学习方法预测蛋白质-配体结合亲和力
- 在新药研发过程中,精准评估小分子化合物与靶蛋白的结合能力是至关重要的一步。这有助于确认药物的治疗效果、潜在毒性及所需剂量,提升药物筛选的效率与准确性。目前,亲和力预测主要依靠分子对接和分子动力学模拟。分子对接通过模拟蛋白...
- 郭岳松
- GraphPLA:一种预测蛋白质–配体结合亲和力的图神经网络方法
- 2024年
- 蛋白质–配体结合亲和力是蛋白质与配体相互作用强度的一个重要指标。准确预测蛋白质–配体结合亲和力对于发现药物的新应用至关重要。迄今为止,已经开发了许多计算技术来预测结合亲和力;然而,这些技术中的一部分需要并不常见的蛋白质三维结构,一些方法还将配体表示为不是分子的适当表示的SMILES串。为了避免这些问题,本文开发了一种名为GraphPLA的新模型,使用具有直接结合配体的独特特征的蛋白质结合口袋作为局部输入特征。还使用扩展卷积来捕捉蛋白质的多尺度远程相互作用,图神经网络来学习配体的图表示。实验结果表明,GraphPLA的RMSE为1.388,MAE为1.118,R为0.795,SD为1.345,CI为0.796,优于目前最先进的预测方法,可以有效预测蛋白质–配体结合亲和力。
- 郭岳松刘立伟
- 一种适配体或核糖开关与配体结合亲密度和特异性的检测方法
- 本发明公开了一种适配体或核糖开关与配体结合亲密度和特异性的检测方法,通过共享一个由几个碱基对组成的桥,将一个锤头核酶整合到候选适配体(或核糖开关)中。当配体与结构化RNA的结合时,导致构象改变,从而改变整合了的锤头核酶的...
- 李三暑张生岚方杉杉
- 配体结合核酸复合物
- 本发明提供一种S1P配体结合核酸复合物,用于输送至目标器官来调节靶基因、其转录产物或其翻译产物的表达或编辑。一种S1P配体结合核酸复合物,具有将S1P配体与包含反义链的核酸结合的结构,通过输送至器官来调节靶基因、其转录产...
- 高木钢木泽秀树冈本大司兼子佳子布施伸之越智敬
- 基于双线性注意力网络的蛋白质与配体结合姿势预测方法
- 本发明提供一种基于双线性注意力网络的蛋白质与配体结合姿势预测方法,构建了一个能够捕获蛋白质与配体之间交互作用并且保持分子中物理化学约束的数学模型,通过使用双线性注意力网络来学习蛋白质和配体的深层交互作用,并通过三角约束模...
- 欧阳乐易毅强万旭
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- 供职机构:中国农业科学院兰州兽医研究所国家口蹄疫参考实验室
- 研究主题:整联蛋白 口蹄疫病毒 猪源 配体结合域 受体
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