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一种蛋白质复合物结构类似模板搜索方法
一种蛋白质复合物结构类似模板搜索方法,首先,构建蛋白质复合物模板数据库和融合模板数据库;然后输入目标蛋白的单链结构,将此结构在复合物模板数据库中搜索全局模板和局部模板,如果搜索出的模板质量较差,则在融合模板库中再次搜索全...
周晓根张子莹蔡亚贤张帅林杰周淑妤
蛋白质复合物链间残基距离深度学习预测方法
2025年
蛋白质蛋白质相互作用对于理解细胞生命活动至关重要.预测链间残基距离为分析蛋白质蛋白质相互作用以及柔性、动态和超大规模蛋白质复合物结构建模提供了关键信息.现有的链间残基距离预测方法主要关注于链间信息,忽略了结构域间信息.本文基于自构建的链间结构域–结构域相互作用数据集,提出了一种蛋白质复合物链间残基距离深度学习预测方法(distances prediction of inter-chain,DPIC).首先,针对输入的单体序列,分别构建单体序列的多序列比对和复合物序列的配对多序列比对,并使用AlphaFold2预测单体结构;其次,构建序列特征、多序列比对特征和结构特征,设计了一个集成多列卷积神经网络模块和三角相互作用模块的深度学习网络,实现对蛋白质复合物链间残基距离的高精度预测;最后,CASP13-15二聚体测试集上的实验结果表明,DPIC的链间残基接触预测精度优于主流方法DeepInter和CDPred,其中Top L/10精度分别提升了7.87%和13.74%.大型蛋白质复合物结构建模实验结果表明,DPIC预测的链间残基距离有助于大型蛋白质复合物结构组装.DPIC在线服务器网址:http://zhanglab-bioinf.com/DPIC.
蒲奕霖王苏慧夏瑜豪张贵军
关键词:蛋白质蛋白质相互作用蛋白质复合物
一种高效强化植蛋白质复合物食品及其制备方法
本发明提供了一种高效强化植蛋白质复合物食品及其制备方法,包括如下重量份的原料:肉类55‑80份;酶解植蛋白质10‑15份;蔬菜5‑15份;水果5‑15份;所述酶解植蛋白质复合物包括若干个植蛋白质经酶解后混合而...
王松军柏华松刘彤王占忠
蛋白质复合物结构预测模型的训练方法、设备和介质
本公开涉及一种蛋白质复合物结构预测模型的训练方法、装置、电子设备、计算机可读介质和程序产品,其中训练方法包括:获取当前训练数据对应的真实距离图;获取当前训练数据对应的输入特征;模型预测;确定当前参数下第一蛋白质和第二蛋白...
孙逸武李辉宋乐
一种黑玉米花色苷-蛋白质复合物的制备方法
一种黑玉米花色苷‑蛋白质复合物的制备方法,涉及花色苷‑蛋白质复合物的制备领域,该方法通过石油醚对黑玉米粉进行脱脂,再向脱脂黑玉米粉中加入乙醇水溶液,搅拌,抽滤,取上清液并加入NaCl溶液,离心,将沉淀透析,冷冻干燥,即制...
司天雷何毅马莹何利霞
靶向CD47/PD-L1的蛋白质复合物和其使用方法
本公开涉及靶向CD47、PD‑L1和/或TGFβ的蛋白质复合物和其使用方法。一方面,所述蛋白质复合物包含:CD47结合结构域,所述CD47结合结构域具有SIRPα胞外区的全部或一部分;PD‑L1结合结构域,所述PD‑L1...
王锦堂邓涵方郑远芝郭邦贤何捷昕孙维泽吴佳蓁沈才贵曾琪铃卓宗显
一种提高黑玉米花色苷-蛋白质复合物稳定性的方法
一种提高黑玉米花色苷‑蛋白质复合物稳定性的方法,向黑玉米花色苷‑蛋白质复合物溶液中加入稳定剂,稳定剂为葡萄糖或麦芽糊精;当稳定剂为葡萄糖时,溶液中葡萄糖的浓度为1‑5%;当稳定剂为麦芽糊精时,溶液中麦芽糊精的浓度为1‑3...
司天雷何毅马莹何利霞
用于表征蛋白质复合物的方法
本文提供了用于表征在蛋白质和可溶性配体之间形成的蛋白质复合物的方法。所公开的方法可以确定蛋白质复合物的大小、异质性和构象。
M·罗斯科尼N·刘E·派尔斯
一种蛋白质复合物检测方法及系统
本发明公开了一种蛋白质复合物检测方法及系统,包括:提取特定蛋白质的局部结构;为提取的局部结构选择相似性最高的一组蛋白质复合物作为参考蛋白质复合物;利用整体相似性获取与参考蛋白质复合物相似的蛋白质复合物结构;基于整体相似性...
倪莉石俊杰张兵兵李子琪齐子祥穆林张以文
蛋白质复合物的结构预测方法及其装置
本公开提供了蛋白质复合物的结构预测方法及其装置,涉及人工智能、自然语言处理和生计算等技术领域。该方法包括:获取目标蛋白质复合物中每个氨基酸残基的初始坐标,并获取目标蛋白质复合物中每个蛋白质单体的目标残基对特征、第一多序...
朱昆睿刘荔行方晓敏张肖男何径舟

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张丽华
作品数:717被引量:819H指数:13
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研究主题:蛋白质 蛋白质组 肽段 整体柱 蛋白质组学
杨开广
作品数:350被引量:28H指数:3
供职机构:中国科学院大连化学物理研究所
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赵群
作品数:83被引量:18H指数:2
供职机构:中国科学院大连化学物理研究所
研究主题:蛋白质相互作用 蛋白质复合物 蛋白质组 离子液体 蛋白质复合体
梁振
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供职机构:中国科学院大连化学物理研究所
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