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基于药效团模型对麻黄与细辛中抑制Toll样受体4化合物的虚拟筛选: 2025年; 目的:基于共同分子特征药效团模型和分子对接技术,探讨麻黄与细辛药对中潜在抑制Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)抗炎活性化合物的物质基础。方法:通过中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Analysis Platform, TCMSP)获取麻黄与细辛的活性成分,使用Discovery Studio软件构建基于TLR4的共同分子特征HipHop药效团模型,应用筛选出的最佳药效团模型对麻黄与细辛药对的化学成分库进行虚拟筛选,对筛选所得成分进行分子对接,计算其与TLR4蛋白的结合自由能并评估其相互作用。结果:共获得463个麻黄与细辛的化学成分,通过最优药效团模型筛选后得到29种麻黄-细辛中潜在的TLR4抑制化合物,且分子对接结果显示,筛选得到的化合物与TLR4均具有较好的结合活性。结论:基于药效团模型与分子对接技术可有效挖掘麻黄与细辛药对中TLR4抑制成分,为揭示其药效物质基础提供理论依据。; 李佳颖邓芳黄慧学梁晓; 关键词：药效团分子对接麻黄细辛 TOLL样受体4

PTP1B抑制剂药效团模型的构建及应用: 2024年; 目的构建蛋白酪氨酸磷酸酶1B(protein tyrosine phosphatase 1B,PTP1B)抑制剂的药效团筛选模型。方法通过收集文献中已报道的PTP1B小分子抑制剂,选择其中活性较强的化合物作为训练集,利用Discovery Studio中的HypoGen算法构建PTP1B抑制剂的三维药效团模型。结果最优药效团模型具有2个氢键受体和3个疏水中心,综合参数分析药效团模型03(q^(2)=0.643,RMS Error=0.587,Weights=1.91)、07(q^(2)=0.678,RMS Error=0.473,Weights=1.80)较好,两模型可用于PTP1B天然抑制剂的虚拟筛选,并应用药效团模型03对半枝莲中2种生物碱类成分进行药效的预测,与实测值接近。结论构建PTP1B抑制剂的药效团模型有较好的预测能力,有助于发现新型的PTP1B抑制剂。; 王桂玲解钏浚; 关键词：PTP1B 药效团模型计算机辅助药物设计

基于药效团模型的PPAR激动剂的筛选及活性研究: 2024年; 目的筛选具有PPARδ激动活性的化合物。方法通过构建PPARδ药效团模型对Top Science数据库中的780万个小分子进行筛选,并采用对接分析通过化合物与受体之间的结合作用模式及其靶点选择性进行筛选;通过分子动力学模拟的方法,确定苗头化合物,进而通过体外活性实验获得PPARδ激动剂。结果通过计算机虚拟筛选获得了24个潜在PPARδ激动剂,分子对接结果表明,化合物3、5、9为潜在的PPARδ选择性激动剂。体外激动活性实验表明化合物3、5、9具有一定的PPARδ激动活性。结论与化合物3、5相比,化合物9拥有更强的体外激动活性(EC_(50)=17.66μmol·L^(-1)),后续可进行结构迭代优化,为进一步开发PPARδ激动剂奠定了基础。; 李琦魏朝张鑫磊郭凯蕾马丽莎何金穗孙定康梁佳龙林佳艳张彭湃刘雪英; 关键词：药效团模型分子对接分子动力学模拟

抗肿瘤新靶点MTH1抑制剂药效团模型的研究: 2024年; 目的:研究抗肿瘤靶点人MutT同源体1蛋白(Human MutT Homolog-1,MTH1)抑制剂的构效关系,构建药效团筛选模型筛选潜在的MTH1抑制剂。方法:采用计算机辅助药物设计方法,通过Discovery Studio 3.0软件包中分子共同特征药效团HipHop算法,使用14个已知MTH1抑制剂分子作为训练集构建药效团模型,并通过Decoy Set验证准确性。结果:获得富集率为13.1的HipHop药效团模型,通过分子对接验证虚拟筛选出的75个候选化合物,得到先导化合物GK01945和HTS07767,能与受体形成良好的相互作用。结论:构建的药效团模型可以作为筛选模型,筛选出的MTH1潜在抑制剂,为抗肿瘤药物MTH1抑制剂开发提供了新思路。; 刘康博张万存顾月清; 关键词：药效团模型分子对接

基于药效团模型筛选CTX-M-14型超广谱β-内酰胺酶抑制剂: 2024年; 【目的】开发针对头孢噻肟-水解酶-14(CTX-M-14)型超广谱β-内酰胺酶(extended-spectrumβ-lactamase,ESBLs)的抑制剂,用以缓解细菌耐药带来的严重危害。【方法】使用DiscoveryStudio Visualizer(DS Visualizer)构建基于受体结构的药效团模型(structure-based pharmacophore,SBP)和基于配体共同特征的定性药效团模型(common feature pharmacophore generation,HIPHOP),并将验证后的模型作为查询条件对ZINC数据库进行以CTX-M-14蛋白为靶标的虚拟筛选,得到拟合分数良好的中药单体成分甘草酸(glycyrrhizic acid,GL),对其进行相关作用力分析、分子动力学模拟和结合自由能计算,分析甘草酸与CTX-M-14蛋白的结合模式、结合能力及稳定性;最后通过联合抑菌试验及酶动力学试验考察甘草酸的抗菌增敏活性、抑酶作用及抑酶方式。【结果】中药单体成分甘草酸主要与CTX-M-14蛋白活性中心多个氨基酸残基形成氢键和范德华作用力,两者的对接分数与结合自由能分别为-10 kcal/mol及-22.06 kcal/mol;甘草酸与头孢噻肟钠联用呈协同作用(FICI≤0.5);甘草酸可竞争性抑制β-内酰胺酶对底物抗生素的水解作用,对头孢噻肟钠的抑酶保护率可达58.53%,与克拉维酸接近(60.98%)。【结论】中药单体甘草酸可与CTX-M-14蛋白稳定结合,通过竞争性抑制β-内酰胺酶对底物抗生素的水解作用,提高多重耐药大肠杆菌E320和重组蛋白阳性菌BL-21对头孢噻肟钠的敏感性,实现抗生素的减量增效。; 王梦帆赵子玉王春光刘廷玉陈曦张铁; 关键词：甘草酸 CTX-M-14 药效团模型分子动力学模拟

基于贝叶斯和药效团模型的靶向RNA小分子筛选及试验方法: 本发明公开了一种基于贝叶斯和药效团模型的靶向RNA小分子筛选方法、试验方法及装置，所述方法包括：根据化合物的属性对预设的初始数据库进行反向筛选得到筛选数据库，其中预设的初始数据库是包含多个不同结构和不同信息的小分子化合物...; 杨晨曦刘阳邓开峰李金星李阳

基于药效团模型筛选的化合物作为PD-L1小分子抑制剂方面的应用: 本发明公开了一种基于药效团模型筛选的化合物作为PD‑L1小分子抑制剂方面的应用。本发明发现在癌症免疫治疗中有潜力的药物，选自BMS‑599626、Daclatasvir、Abivertinib或Enzastaurin中的...; 李悦青孙萌萌孟庆伟吕世旋宋其玲孙慧楠赵静喃高志刚

基于3D药效团的精神活性物质预测模型: 2024年; 目的:探索快速甄别新精神活性物质的工具,为新精神活性物质结构预警、禁毒决策提供技术支撑。方法:基于《非法物质折算表》和DEA Controlled Substance两套管制物质数据集,构建了3D药效团模型。结果:本研究构建的5个药效团模型(D1C1-Ph6、D1C2-Ph5、D1C3-Ph1、D2C1-Ph6、D2C2-Ph7)在相应聚类结构的测试集化合物上均表现出良好的预测结果,其中三个外部样本都与D1C2-Ph5有0.9以上的匹配值。结论:药效团模型能够超越骨架结构的限制,体现一系列生物活性分子共有的关键结构特征,从而辅助新精神活性物质的快速识别,防止危害性物质的快速泛滥。; 李佳维肖伟烈张兴杰刘昕刘美张芮菡; 关键词：药效团禁毒

具有HDACi药效团的β-榄香烯衍生物及其制备方法和应用: 本发明公开具有HDACi药效团的β‑榄香烯衍生物及其制备方法和应用。本发明提供了式(I)所示结构的具有HDACi药效团的β‑榄香烯衍生物、含有式(I)化合物的药物组合物及水合物，以及这些化合物的同位素衍生物、手性异构体、...; 谢恬叶向阳高园卓晓韬何兴瑞白仁仁党夏雯叶杨罗欣雨向欢林颖

基于基因、药物原子相互作用关系提取方法的药物靶点、药物关键药效团检测方法: 本发明公开了一种基于基因、药物原子相互作用关系提取方法的药物靶点、药物关键药效团检测方法，包括：构建药物敏感性数据库；构建细胞系特征提取器和药物特征提取器；采用交叉注意力算法构建细胞系特征‑药物特征融合器，结合细胞系特征...; 康玉曾韵典侯廷军

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