为研究细菌的流行特征、追踪传染源,国内外广泛采用的方法是对相关菌株进行分型,分析菌株间的同源性关系。细菌分型方法分为表型分型和基因分型两种,表型分型主要有根据菌落形态和生化特征等的生物分型、抗菌药物药敏谱分型、血清分型、噬菌体分型,基因分型包括质粒分型、核糖体分型、染色体DNA限制性内切核酸酶图谱分析(REA)、限制片段长度多态性分析(RFLP)、脉冲场凝胶电泳分型(pulsedfield gel electrophoresis,PFGE)、随机引物PCR(AP-PCR)、重复片段PCR分型、多位点序列分型(MLST)等,其中PFGE是分子分型技术的“金标准”,其结果重复性好,分辨率高,易于标准化,被国内外研究者广泛接受。本文就PFGE技术及其在细菌感染性疾病中的应用进行综述。
目的探讨脉冲场凝胶电泳(pulse-field gel electrophoresis,PFGE)和多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术在沙门菌鉴定中的应用价值。方法对分离自一起食物中毒事件中的27株沙门菌,用肠杆菌科鉴定系统API 20E和ATB ID 32E进行生化鉴定并血清分型,以脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)进行分子分型。结果 27株沙门菌的生化鉴定结果为沙门菌属细菌,其中25株血清分型结果为肠炎沙门菌,抗原模式(9,12:g,m);其余两株菌H相抗原除g和m因子凝集阳性外,d因子也有凝集反应。PFGE结果显示27株菌株中26株的带型完全一致,另1株与其他26株仅有1条条带的差异,相似度为96.3%。27株菌的MLST型别均为ST11型,提示为肠炎沙门菌。结论分子分型技术,特别是MLST技术有助于沙门菌的辅助鉴定。
基因分型方法即分子分型方法,是用现代分子生物学技术分析菌株间基因组的相似程度,进而弥补表型分型在分型能力、重复性及分辨力上的欠缺。脉冲场凝胶电泳(PFGE)是一种重要的分子分型技术,其工作原理是:大小不同的 DNA 分子在交替变换方向的电场中作出反应所需的时间不同,一般较小的分子重新定向较快,在凝胶中移动快,大的DNA分子比小的DNA分子定向慢,在凝胶中移动比较慢,根据各DNA分子迁移距离的不同,从而可以达到分离不同大小的 DNA 分子的目的。在所有分子分型方法中,脉冲场凝胶电泳以重复性好、分辨性强,被作为细菌分子分型的“金标准”。现在PFGE已被广泛应用于菌株遗传关系比较、食源性和疫源性致病菌的溯源、疫情的传染源追踪以及临床诊断治疗、药学等各个方面。本文分别介绍了PFGE技术在细菌传播污染控制、耐药菌株溯源性、耐药菌株流行趋势分析中应用及其该技术有待解决的问题及发展趋势。