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基于甲基化特异性PCR的外周血循环游离DNA甲基化检测对乳腺癌诊断价值的荟萃分析
2024年
目的通过Meta分析系统评估基于甲基化特异性PCR(MSP)的外周血循环游离DNA(cfDNA)甲基化检测对乳腺癌的诊断价值。方法检索PubMed、Embase、Cochrane数据库,检索时间为2011年1月至2021年12月,以“Breast neoplasms”“Breast cancer”“Methylation”“Cell-free DNA”等为检索词,检索有关血液循环cfDNA甲基化用于乳腺癌诊断的文献,根据纳入及排除标准筛选文献。使用QUADAS-2对纳入文献进行质量评价,提取研究数据并使用Stata 16.0对各效应量进行合并,分析异质性及来源,以Deek’s法检验发表偏倚。结果共检索318篇文献,最终纳入12篇文献的27项研究进行Meta分析,患者2195例,纳入研究存在高度异质性(I^(2)>50.00%)。采用随机效应模型合并灵敏度为0.43[95%CI(0.31~0.56)],合并特异度为0.97[95%CI(0.94~0.99)],合并阳性似然比(LR+)为16.30[95%CI(7.00~37.80)],合并阴性似然比(LR-)为0.59[95%CI(0.47~0.73)],合并诊断比值比(DOR)为28.00[95%CI(11.00~70.00)],合并AUC为0.85[95%CI(0.82~0.88)]。结论基于MSP的外周血cfDNA甲基化检测对乳腺癌有较高的辅助诊断价值。
刘杰朱启富张丹余琦慧郑欣姚水洪汪新华
关键词:甲基化乳腺癌甲基化特异性PCR
一种多重甲基化特异性PCR引物设计方法及系统
本发明公开了一种多重甲基化特异性PCR引物设计方法及系统,本发明实施步骤包括根据用户需求设置参数,对目标甲基化位点进行引物设计及筛选,然后对筛选出的多个甲基化位点引物对两两进行配对并检查兼容性,选择数量最大的可兼容的多重...
易吉 李泽卿
MethyScan:一种甲基化特异性PCR引物设计及评估工具
2021年
DNA甲基化是重要的表观遗传现象,对基因表达发挥重要调控功能.大量研究表明,基因DNA甲基化是重要的临床诊断生物标志物.在临床上,实施快速、准确的DNA甲基化状态检测是诊断应用的前提和关键.甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,MSP)通过将两种引物与甲基化、非甲基化模板各自特异性结合和扩增,实现基因甲基化状态的区分,是切实可行、简单便捷的临床诊断实验技术.但是,不同于常规PCR,MSP主要存在如何强化引物-甲基化/非甲基化模板特异性结合、降低引物序列Tm值差异、去除假阳性扩增及提高敏感性等四大难点.尽管大多数MSP引物设计软件对上述难题都提出了各自解决办法,但在引物设计影响因素考虑、设计与评估并行处理及特异性扩增预测等方面仍然存在较大缺陷.为此,本研究通过对MethPrimer、MSPPrimer、MethBlast、BiSearch等现有MSP引物设计软件原理的深入探究,以及对Bowtie、SAMtools和BEDTools等工具的有效综合整合,基于图形库Matplotlib和第三方Python功能库BioPython与Primer3-py实现了具有系列优点的甲基化特异性PCR引物设计与评估可视化工具MethyScan.它具有引物设计、基因组索引、引物评估等三大完整功能模块,不仅可快速进行MSP引物设计,实现巢式(Nested)引物适配,还可基于4种基因组碱基转换模板分析引物结合信息,图形化展示非特异性扩增与目的片段差异,从而综合评估引物特异性-非特异性扩增.同时,对食管癌、结直肠癌等多种恶性肿瘤中6个潜在生物标志物TFPI-2、NDRG4、CDKN2A、CD44、CASP8和SDHD的甲基化引物设计对比结果表明,MethyScan不仅可获得更多CpG位点的检测引物,而且所获得MSP引物位置与其他软件结果相同或相近,且引物间Tm值差值更小.总之,作为首个图形化展示特异性-非特异性扩增差异MSP引物设计工具,MethyScan可有效提高甲基化引物设计准确性,为临
曹英豪
关键词:引物设计DNA甲基化
一种多重甲基化特异性PCR引物设计方法及系统
本发明公开了一种多重甲基化特异性PCR引物设计方法及系统,本发明实施步骤包括根据用户需求设置参数,对目标甲基化位点进行引物设计及筛选,然后对筛选出的多个甲基化位点引物对两两进行配对并检查兼容性,选择数量最大的可兼容的多重...
易吉 李泽卿
甲基化特异性PCR技术优化试验被引量:1
2018年
目的建立一种高特异性甲基化特异性聚合酶链式反应(MSP)法。方法以p15基因为目的基因,以经亚硫酸氢盐转化的全甲基化人类基因组DNA及亚硫酸氢盐转化的全非甲基化人类基因组DNA为模版,采用Methprimer软件预测p15启动子甲基化岛并设计甲基化及非甲基化引物,对甲基化及非甲基化DNA模板进行聚合酶链式反应(PCR)。根据MSP的PCR阶段的退火温度分为普通温度组(甲基化引物及非甲基化引物退火温度分别为58、55℃)及提高温度组(甲基化引物及非甲基化引物退火温度分别为60、57℃)。在普通温度组的基础上,通过增加镁离子(Mg^(2+))浓度、添加PCR反应体系中二甲基亚砜(DMSO)以优化PCR反应体系。结果 MSP的PCR反应阶段,普通温度组出现了非特异性扩增产物,即假阳性及假阴性;提高温度组非特异性扩增减弱,特异性扩增同等降低。普通温度的优化PCR体系组非特异性扩增消失,可以完全消除假阴性及假阳性。结论设置普通退火温度同时适当地增加Mg^(2+)浓度及DMSO有利于保证MSP结果的特异性
何玉霞邓丽张兵
关键词:甲基化特异性PCRPCRP15甲基化检测特异性
定量多重甲基化特异性PCR方法-cMethDNA、试剂及其用途
本发明的cMethDNA方法是QM‑MSP方法(美国专利号8,062,849)的新颖的改进,特别地旨在以已经报道的最低拷贝数定量检测流体诸如血清或血浆中的肿瘤DNA(或其他循环DNA)。与任何其他基于PCR的测定相比特有...
S·苏库马尔玛丽·乔·法克勒维·文·泰奥索伊拉·阿雷利·洛佩斯布让达
粪便DNA定量甲基化特异性PCR检测试剂盒及其用途
本发明涉及粪便中检测结肠肿瘤发病相关抑癌基因表观突变试剂盒及其用途。试剂盒包括:(1)结肠肿瘤发病相关的抑癌基因启动子区CpG岛定量甲基化扩增引物3对及探针3条;(2)PCR扩增用试剂。通过本试剂盒得到的PCR扩增产物,...
金黑鹰范怡梅杨青蓝邓超
定量多重甲基化特异性PCR方法-cMethDNA、试剂及其用途
本发明的cMethDNA方法是QM-MSP方法(美国专利号8,062,849)的新颖的改进,特别地旨在以已经报道的最低拷贝数定量检测流体诸如血清或血浆中的肿瘤DNA(或其他循环DNA)。与任何其他基于PCR的测定相比特有...
S·苏库马尔玛丽·乔·法克勒维·文·泰奥索伊拉·阿雷利·洛佩斯布让达
乳腺癌组织中miR-375基因定性与定量甲基化特异性PCR分析
目的:确认miR-375基因表达相关的关键CpG位点,建立甲基化特异性PCR定性与定量分析方法;通过在临床标本中验证其对乳腺癌发生、发展的作用,探索miR-375基因甲基化作为分子标志物应用于临床诊断的可能。 ...
揭小华彭雄王江洁杨晓红朱伟锋罗达亚
关键词:乳腺癌甲基化特异性聚合酶链式反应
一种多重巢式甲基化特异性PCR扩增引物及其使用方法与应用
本发明公开了一种多重巢式甲基化特异性PCR扩增引物,包括核苷酸序列如SEQ IDNO.1~42所示的引物。所述多重巢式甲基化特异性PCR扩增引物的使用方法,步骤如下:(1)取患者血清提取DNA;(2)取DNA溶液,进行甲...
孔北华张青

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郭明洲
作品数:106被引量:301H指数:10
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作品数:2,272被引量:18,716H指数:57
供职机构:第二军医大学
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杜奕奇
作品数:202被引量:4,056H指数:26
供职机构:第二军医大学
研究主题:幽门螺杆菌 胰腺癌 胰腺肿瘤 重症急性胰腺炎 急性胰腺炎
钱震
作品数:47被引量:76H指数:4
供职机构:江苏大学附属人民医院
研究主题:急性髓系白血病 白血病患者 急性髓系 甲基化特异性PCR 早幼粒细胞
林江
作品数:193被引量:252H指数:6
供职机构:江苏大学附属人民医院
研究主题:急性髓系白血病 甲基化 白血病患者 慢性髓系白血病 骨髓增生异常综合征