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基于生物信息学方法挖掘调控肾透明细胞癌发生的分子生物标志物: 2025年; 目的采用生物信息学分析筛选与肾透明细胞癌(KIRC)发生密切相关的分子生物标志物,并验证其在临床样本中的表达水平。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取KIRCⅠ期mRNA测序数据,用主成分分析(PCA)降维处理,筛选差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行GO和KEGG富集分析。采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选出与KIRC显著相关的基因,构建蛋白互作(PPI)网络筛选枢纽基因。通过受试者工作特征(ROC)曲线评估枢纽基因的诊断价值,使用生存曲线图分析其预后价值,并分析枢纽基因的mRNA表达量与KIRC病理分期的相关性。纳入来自新疆维吾尔自治区人民医院的20例KIRCⅠ期患者的临床样本,采用逆转录实时定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)、蛋白免疫印迹法、酶联免疫吸附试验(ELISA)法检测该枢纽基因在患者肾癌及癌旁组织中的表达水平。结果共筛选出8223个DEGs,其中上调基因4092个、下调基因4131个。GO分析显示DEGs与生物粘附、质膜组成部分和转运蛋白活性等相关,KEGG分析显示DEGs与细胞粘附分子、细胞因子-细胞因子受体相互作用、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用等途径相关。WGCNA分析获得了171个与KIRCⅠ期显著相关的基因,PPI网络筛选出的枢纽基因淋巴细胞胞质蛋白2(LCP2)与KIRCⅠ期的相关性显著,ROC曲线下面积为0.96,且LCP2的表达水平与患者的总体生存率呈负相关,与患者的分期、淋巴结转移有关。临床样本验证显示,KIRCⅠ期组织中LCP2的mRNA和蛋白的相对表达水平均显著高于癌旁正常组织(P<0.0001)。结论LCP2在KIRCⅠ期组织中显著上调,可作为KIRC早期诊断与治疗的潜在分子生物标志物。; 郭峰王晨宇史振峰赵建华樊文龙艾合买提·卡德尔倪泽称; 关键词：生物信息学表观遗传学差异表达基因肾透明细胞癌

基于生物信息学方法鉴定抑郁症与帕金森病共同关键基因: 2025年; 目的采用生物信息学方法分析重度抑郁症(MDD)和帕金森病(PD)的基因数据,寻找MDD与PD的共同关键基因。方法从GEO数据库获取MDD与PD的基因数据集,使用GEO2R进行分析筛选出共同差异基因。通过基因本体论、京都基因与基因组百科全书数据库进行通路富集分析,并构建蛋白质-蛋白质相互作用网络探索MDD与PD的共同关键基因。通过DGIdb数据库寻找候选药物。建立诊断模型并通过ROC曲线评估共同关键基因的诊断价值。结果本研究发现SNAP25、GABRB1、FSTL5、CADPS、KCNIP1此5个基因可能是MDD与PD的共同关键基因,且在该两种疾病中均具有良好的诊断价值。针对以上基因,本研究筛选出10个可同步治疗MDD与PD的候选药物。结论这些共同关键基因的鉴定、共同通路的发现以及候选药物的筛选,为MDD与PD共病的发病机制、诊断生物标志物和药物治疗提供了新的靶点。; 王杰陈聪聪王璐茜; 关键词：抑郁症帕金森病差异基因生物信息学分析

利用生物信息学方法寻找作物中潜在的胞外ATP受体蛋白质: 2025年; 为分析作物中的胞外ATP受体蛋白质,通过NCBI数据库获取拟南芥外ATP受体蛋白质L-型凝集素受体样激酶1.9(lecRK-1.9)和L-型凝集素受体样激酶1.5(lecRK-1.5)的氨基酸序列,通过BLAST比对和同源树构建,以油菜和玉米为例,在两种作物中筛选与lecRK-1.9和lecRK-1.5亲缘关系相近的蛋白质;使用ExPASy ProtParam、Cell-PLoc、MEME等工具对这些蛋白质进行理化分析、亚细胞定位和二级结构预测.结果显示,油菜、玉米中的12个候选蛋白质的理论等电点为6.52~8.91,大多为疏水蛋白质;12个蛋白质中有6个蛋白质在质膜上具有定位,12个蛋白质二级结构比例均与拟南芥lecRK-1.9、lecRK-1.5相似,其中有8个蛋白质在保守结构域的位置及顺序上与拟南芥lecRK-1.9、lecRK-1.5具有较高的相似性.这些在油菜、玉米中与拟南芥lecRK-1.9、lecRK-1.5蛋白质在理化性质、亚细胞定位、二级结构以及保守结构域具有高相似性的蛋白质,可作为油菜、玉米中胞外ATP受体蛋白质的参选蛋白质.; 桑鹤天张悦婧石珍珍冯汉青; 关键词：生物信息学

一种基于融合生物信息学方法的肿瘤预后风险评估系统: 本发明公开了一种基于融合生物信息学方法的肿瘤预后风险评估系统，包括数据获取模块用于获取肿瘤的全转录组测序数据集和临床数据集，生物标志物获取模块用于基于生物信息学方法从全转录组测序数据集中获取生物标志物，模型构建模块用于通...; 王美琴王凌宇孙风栋

基于生物信息学方法对HDACi治疗黑色素瘤的免疫学机制探讨: 2025年; 目的利用生物信息学分析方法对基因芯片数据进行分析,筛选出影响黑色素瘤发生发展过程中的核心基因和关键通路,探索其分子机制并发现黑色素瘤潜在生物标志物,为分子诊断、靶向治疗和预后评估提供线索。方法从基因表达数据库(GEO)中筛选数据集,利用GEO2R分析黑色素瘤组织和正常皮肤组织中显著差异表达基因,通过GEPIA平台对TCGA-SKCM和GTEx联合进行差异表达分析。使用Bio vemn获得三组数据共有差异基因,对其进行GO功能注释、KEGG富集、进行蛋白互作分析、筛选关键基因,探讨HDACi治疗黑色素瘤的免疫学机制。结果从GSE3189和GSE15605以及TCGA-SKCM和GTEx联合中有交集的差异表达基因有1015个。主要涉及表皮发育、细胞群体增殖的负调控、上皮细胞分化、循环系统流程、血液循环、皮肤发育、有机羟基化合物代谢过程、超分子纤维组织、负调节细胞粘附、细胞组分形态发生;主要存在于细胞外基质、外部封装结构、Collagen-containing细胞外基质、细胞间连接、角质化包膜、细胞基部、基底质膜、顶端的一部分细胞、顶端质膜、管基底等离子体膜;主要富集在肌动蛋白结合、钙离子结合、分子功能抑制剂活动、细胞外基质的结构组成、酶抑制剂的活动、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶活性、肌动蛋白丝绑定、跨膜受体蛋白激酶活性、蛋白质酪氨酸激酶活性、肽酶调节活动。以及显著涉及到的免疫和炎症的通路有癌症中的转录失调、人乳头瘤病毒感染、致病性大肠杆菌感染、PPAR信号通路、花生四烯酸代谢通路,互作较强的核心差异基因有EGFR、ERBB2、CD34、PPARG、SOX9、CDKN2A、EPCAM、AURKA、CCNB1、SPP1。结论癌症中的转录失调、人乳头瘤病毒感染、致病性大肠杆菌感染、PPAR信号通路、花生四烯酸代谢通路可能是HDACi治疗黑色素瘤的免疫学机制关键通路,EGFR、ERBB2、CD34、; 苏俊战杰王思夏景艺迪龙友琪武睿睿孙鹏; 关键词：黑色素瘤生物信息学分析 HDACI 免疫学机制

通过生物信息学方法预测慢性脑低灌注的免疫治疗靶点: 2025年; 慢性脑低灌注(CCH)在血管性痴呆(VD)的发生和发展中起着重要作用。近年来的研究表明,脑缺血过程中涉及多阶段的免疫炎症反应,因而脑缺血的免疫治疗逐渐受到关注。本研究旨在通过生物信息学方法,从免疫学的视角确定CCH的潜在免疫治疗靶点。我们共鉴定出823个与CCH相关的差异基因,并筛选出9个与免疫功能相关的核心基因,分别是RASGRP1、FGF12、SEMA7A、PAK6、EDN3、BPHL、FCGRT、HSPA1B和MLNR。基因富集分析显示,这些核心基因主要参与细胞生长、神经投射延伸及间充质干细胞迁移等生物学功能。生物信号通路分析表明,核心基因主要参与T细胞受体、Ras及MAPK等信号通路的调控。通过LASSO回归,我们进一步筛选出RASGRP1和BPHL作为关键的免疫相关核心基因。同时,结合差异miRNA及miRwalk数据库,我们确定miR-216b-5p为调控RASGRP1的关键免疫相关miRNA。综上所述,本研究预测的miR-216b-5p/RASGRP1信号通路在CCH的免疫调节中具有重要意义,有望为CCH的免疫治疗提供新的靶点。; 赵梅薛艳鹏田青青杨赫蒋晴于孟凡陈鑫; 关键词：慢性脑低灌注免疫治疗生物信息学

基于生物信息学方法筛选抑郁症免疫诊断标志物: 2025年; 目的:通过生物信息学方法筛选、分析潜在的与抑郁症具有相关性的免疫细胞浸润生物学标志物及进一步探讨其在抑郁症发生、发展过程中的生物学作用。方法:从GEO数据库中选取与抑郁症相关的GSE-98793和GSE-52790数据集,首先所得数据经背景矫正和归一化以及降维处理后,分析数据集中抑郁症的差异表达基因;随后对差异基因使用SVM-RFE、LASSO和RF算法进行免疫相关性分析,构建免疫相关抑郁症诊断预测模型;GO功能和KEGG富集分析;免疫浸润CIBERSORT算法对DEGs进一步筛选,得出22个差异表达基因;使用STRING和Cytoscape软件构建PPI分子网络,并进行内部验证。结果:通过Cytoscap软件构建PPI网络,筛选出11个与免疫相关的差异表达基因,分别为TLR2、CD1C、S100A12、MARCO、CD48、XCL1、LTB、RETN、PTX3、IFNK、ERAP2基因,其中TLR2、S100A12、XCL1、LTB基因参与免疫炎症反应的调节,且参与免疫细胞的浸润,可作为免疫细胞浸润生物学标志物。结论:本研究筛选出了与抑郁症具有相关性且参与免疫细胞浸润的相关基因,可能作为预测其发生的生物标志物,有望将其研发为免疫靶向药物作用靶点提供可能性。; 刘漠孙大中丁新蕊姜春玉张波; 关键词：抑郁症生物信息学生物标志物差异基因

利用多种生物信息学方法在全基因组水平对杨树乳胶蛋白家族进行筛选鉴定和功能分析方法: 利用多种生物信息学方法在全基因组水平对杨树乳胶蛋白家族进行筛选鉴定和功能分析方法，它涉及植物基因鉴定筛选领域，本发明将获取的杨树全基因组文件、注释信息文件、蛋白序列文件和MLP蛋白家族结构文件行初步筛选、重新建模、再次筛...; 孙鑫王雷李瑶吴琼付荻孙尧薛佳莹黄国庆王丹丹

利用生物信息学方法研究脂质代谢相关基因在宫颈鳞癌患者中的预后价值: 2025年; 目的探讨脂质代谢与宫颈癌预后的关系并挖掘相关的脂质代谢标志物,指导临床开发针对性抗肿瘤药物,改善患者预后。方法从癌症基因组图谱下载了253个宫颈鳞状细胞癌样本和22个相邻非癌样本的RNA-seq和临床数据。从分子标志物数据中获取了与脂质代谢相关的数据集,分析差异表达基因(DEGs),进行火山图和DEGs热图分析,在线富集分析系统进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,可视化GO术语和KEGG富集结果,进行相关突变分析。评估脂质代谢相关基因与总体生存率之间的关系,并绘制生存曲线。选择重点基因并确定每个患者的预后风险指数,绘制风险曲线。进行单变量和多变量独立预后分析,以确定预后风险指数是否可用作独立预后指标。构建预后风险指数和6种免疫细胞类型之间的相关关系图。结果共挖掘到192个脂质代谢相关基因,其中59个DEGs高表达,133个低表达;GO富集分析结果表明,“脂代谢过程”“信号转导”“胞质”“胞膜”“ATP结合”“蛋白酶结合”等在生物过程(BP)、细胞组分(CC)及分子功能(MF)中扮演重要角色。KEGG信号通路富集分析结果表明,甘油磷脂代谢是最显著的具体调节通路。单因素变量分析确定了16个预后相关的脂质代谢基因,突变分析揭示上述许多预后相关的脂质代谢基因具有较高的扩增突变的特征。综合分析表明,T分期、N分期及预后风险指数是独立的预测因子(P<0.05)。脂质代谢相关基因风险评分与多种免疫细胞浸润水平呈显著负相关(P<0.05)。该风险评分与B淋巴细胞、CD4^(+)T淋巴细胞、CD8^(+)T淋巴细胞、中性粒细胞、巨噬细胞及树突细胞等主要免疫细胞亚群的浸润程度均呈显著负相关(P<0.05)。结论脂质代谢相关基因表达水平可能对肿瘤微环境中的免疫细胞浸润具有重要调控作用,明确了脂质代谢�; 高子璐张文超; 关键词：脂质生物信息学分析

综合生物信息学方法识别精神分裂症状中关键线粒体自噬基因: 2025年; 目的利用3D脑类器官的单细胞及外周血转录组数据,结合机器学习,深入分析线粒体自噬基因在精神分裂症(schizophrenia,SCZ)中的作用。方法结合两种机器学习算法,通过外周血RNA测序数据,识别精神分裂症和健康对照组之间表达存在差异的线粒体自噬相关基因,探讨线粒体自噬基因与免疫细胞和炎症因子间的相互关系;利用单细胞综合分析,探讨基于线粒体自噬基因的信号通路和特异性转录因子。结果通过机器学习,鉴定了7个在精神分裂症患者中表达的关键线粒体自噬基因。基于Mitoscore分析,在单细胞层面,现高线粒体自噬活性的神经元(Mitohigh_Neuron)通过SPP1信号通路与内皮细胞形成新的相互作用。结论鉴定了精神分裂症患者中两种具有线粒体自噬特征的亚型及7个关键线粒体自噬基因,为理解该病的发病机制提供新的视角。; 廉坤李咏梅施诚龙陈怡兰张磊杨薇许秀峰; 关键词：精神分裂症神经元

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