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铜绿假单胞菌的临床分布、多位点序列分型及耐药性分析: 2025年; 分析铜绿假单胞菌的临床分布、多位点序列分型(MLST)及耐药性。对2021年1月至2023年12月医院患者送检样本中分离的309株铜绿假单胞菌进行临床分布分析,并开展体外药敏试验和MLST研究,以揭示铜绿假单胞菌流行趋势。各样本中共分离出铜绿假单胞菌309株:其中痰液和咽拭子占比分别为51.13%、23.30%,样本主要来源呼吸道感染;其次为伤口分泌物及脓液,占比为11.97%。309株铜绿假单胞菌共分17个ST型,其中菌株数最多的前五名:ST244共59株(19.09%),ST235共43株(13.92%),ST986共31株(10.03%),ST597共28株(9.06%),ST441共26株(8.41%)。本研究还发现2株尚未被PubMLST数据库收录的新序列分型(ST),以N1和N2表示。对2021年—2023年检出的309株铜绿假单胞菌进行药敏试验结果显示,铜绿假单胞菌分离株对3年一直使用的13种抗菌药物的耐药率整体呈下降趋势,到2023年,头孢他啶、庆大霉素、左氧氟沙星、诺氟沙星及氨卡西林/舒巴坦的耐药率基本下降到10%左右。整体来看,亚胺培南、米诺环素的耐药率最高,分别为30.42%、28.48%,其次美罗培南22.33%、哌拉西林17.80%和头孢噻肟16.50%;对阿米卡星的敏感性最高,达到91.26%;临床治疗应优先考虑阿米卡星与其他抗菌药物组合使用治疗铜绿假单胞菌。铜绿假单胞菌感染以呼吸道为主,可引起多部位感染,并对常用临床抗菌药物存在耐药性,临床治疗需科学规范用药。阿米卡星对铜绿假单胞菌敏感率高,临床治疗中优选阿米卡星与其他抗菌药物组合使用;铜绿假单胞菌进化速度快,以ST244型和ST235型为代表,临床应重点关注这两种类型的铜绿假单胞菌,以防院内爆发流行。; 詹旭莉汤建华蒲洁琨徐鹭刘洋; 关键词：铜绿假单胞菌多位点序列分型管家基因耐药性医院感染耐药性变迁

碳青霉烯耐药铜绿假单胞菌的耐药特点和多位点序列分型: 2025年; 目的了解临床分离碳青霉烯(亚胺培南、美罗培南)耐药的铜绿假单胞菌(carbapenem resistant pseudomonas aeruginosa,CRPA)的耐药情况和遗传分型,为临床合理化用药和医院感染控制工作提供依据。方法收集2021年7月至2022年6月河南中医药大学第一附属医院临床分离的非重复碳青霉烯耐药的铜绿假单胞菌60株进行鉴定和药敏试验,分析临床分布和标本来源。随机选取其中35株CRPA,利用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)扩增铜绿假单胞菌的7个管家基因acsA、aroE、guaA、mutL、nuoD、ppsA和trpE,PCR扩增测序后采用DNAstar和PHYLOViZ 2.0等软件对分离的CRPA进行遗传差异性分析。结果60株CRPA主要分布在呼吸科、康复科、重症监护病房。标本类型以痰液为主(63.3%),其次为肺泡灌洗液(28.3%)。除多黏菌素、阿米卡星、庆大霉素外,对其他抗菌药物的耐药率均为40%以上,与同期分离的碳青霉烯敏感铜绿假单胞菌(carbapenem sensitive pseudomonas aeruginosa,CSPA)相比,除多黏菌素外,CRPA分离组对阿米卡星(23.3%)、头孢吡肟(58.3%)、头孢他啶(48.3%)、环丙沙星(55.0%)、哌拉西林/他唑巴坦(45.0%)、氨曲南(56.7%)、美罗培南(78.3%)等抗菌药物的耐药率显著高于CSPA组,差异有统计学意义(P<0.05)。MLST分析显示35株CRPA可分为25个ST型,其中优势ST为ST1182。该研究发现1种新的等位基因trpE316,3种新的ST型别,分别为ST3978、ST3979、ST3980。结论CRPA主要来源于呼吸道,多见于呼吸科,CRPA耐药形势严峻,应结合药敏结果和流行病学分析,有针对性地采取干预措施。MLST分析的结果显示ST型存在多样化,克隆类型多样化,提示这些菌株的遗传背景也极其复杂多变。; 武文君王炜荆鹏伟任伟宏; 关键词：铜绿假单胞菌碳青霉烯类

血流感染中高毒力肺炎克雷伯菌的荚膜多糖血清型特点、多位点序列分型研究被引量：1: 2024年; 目的分析血流感染中高毒力肺炎克雷伯菌(hvKP)的荚膜多糖血清分型特点、多位点序列分型。方法选取2020年10月—2021年12月河南省人民医院临床分离自血培养的165株肺炎克雷伯菌作为本次实验对象。应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术鉴定分离出的菌株,其中高毒力肺炎克雷伯菌(hvKP)55株,普通的肺炎克雷伯菌(KP)110株,采用微生物鉴定药敏分析仪进行药敏试验,分析其耐药性,通过聚合酶链式反应技术检测荚膜多糖血清分型和多位点序列分型。结果hvKP对常见抗菌药物的耐药率均低于KP,且对头孢他啶、头孢噻肟、头孢吡肟、左氧氟沙星、阿米卡星、亚胺培南、美罗培南的耐药率较低(P<0.05);两组在K1、K2、K5、K54、K57荚膜多糖血清分型的分布比较方面差异较大(P<0.05),且与KP相比较,hvKP荚膜多糖血清分型K1、K2的检出率较高,K5、K54、K57的检出率较低(P<0.05);ST23、ST86、ST65是hvKP主要的多位点序列分型,依次占比32.73%、20.00%、16.36%。结论引起的血流感染的hvKP对大部分常用抗菌药物的耐药性较低,临床可根据患者实际情况和药敏结果,合理使用抗菌药物。同时hvKP血清荚膜分型以K1、K2为主,多位点序列分型则以ST23、ST86、ST65为主。; 弓浩胜李艺佳凌明智张江峰万震; 关键词：血流感染多位点序列分型

羊源粪肠球菌多位点序列分型及其耐药特性和毒力基因检测分析被引量：2: 2024年; 【背景】粪肠球菌(Enterococcus faecalis)作为一种普遍存在的条件致病菌,能引起严重感染,并能作为高耐药/毒力因子的储存和传播者对公共安全造成严重威胁。【目的】掌握安徽地区羊源粪肠球菌ST型分布特征及耐药、毒力特性,并分析其耐药基因、毒力基因与ST型之间的相关性,评估其潜在致病性及对公共卫生的危害性。【方法】以2021−2023年采集自安徽地区的64份羊直肠棉拭子为样本对粪肠球菌进行分离鉴定,采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)方法对菌株进行分型鉴定,Kirby-Bauer(K-B)纸片扩散法测定粪肠球菌对16种抗菌药物的敏感性,并检测9种耐药基因及14种毒力基因的分布。【结果】共分离得到61株粪肠球菌,鉴定为24种ST型,其中9种为新发现ST型;奈替米星(72.13%)、丁胺卡那(75.41%)、四环素(55.74%)和红霉素(63.93%)的耐药比例最高,少数对万古霉素(9.84%)、利奈唑胺(11.48%)耐药,多重耐药(multi-drug resistance,MDR)率为57.38%;耐药基因ermB(77.05%)、aac(6')/aph(2')(52.46%)、tem(55.74%)的携带率最高,vanC(8.20%)、mefA(1.64%)的携带率最低;毒力基因cpd(100%)、efaA(98.36%)、ebp(95.08%)和fsr(81.97%)的携带率最高,hyl(11.48%)的携带率最低;部分耐药基因、毒力基因的分布在不同ST型之间具有显著差异(P<0.05)。【结论】羊源粪便粪肠球菌中携带高耐药和高水平毒力基因,且耐药特性及毒力的分布与ST型有着较高的相关性。; 邓亚飞吴佳颖张留君闫康辛洪雷贺绍君; 关键词：粪肠球菌多位点序列分型耐药特性毒力基因

辽宁部分地区生肉制品中小肠结肠炎耶尔森菌多位点序列分型及耐药分析: 2024年; 【背景】小肠结肠炎耶尔森菌(Yersinia enterocolitica)是一种人兽共患病原细菌,在我国分布广泛,可引起多种肠道症状以及全身性疾病,对人类和动物的健康造成威胁。【目的】了解辽宁省内部分地区不同畜禽生肉来源的小肠结肠炎耶尔森菌耐药表型、耐药基因、毒力基因及多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)特征。【方法】对辽宁省2018−2021年分离自市售生鸡肉、生猪肉和生牛肉三类食品样品的26株小肠结肠炎耶尔森菌进行药物敏感性试验和血清型鉴定,并通过全基因组测序技术进行遗传相关信息的分析。【结果】26株小肠结肠炎耶尔森菌对头孢唑啉(cefazolin,CFZ)的耐药程度最高,对多黏菌素E(polymyxin E,CT)全部中介耐药,对氯霉素(chloramphenicol,CHL)和庆大霉素(gentamicin,GEN)两种抗生素均为敏感。26株菌的毒力基因以ail−virF−yadA−ystA−ystB+型为主,存在一株ail+virF−yadA−ystA+ystB−基因型,来自猪肉样品。血清型以O:5为主,占比为84.6%,O:8和未分型的菌株占比均为7.7%。26株菌均携带CRP、rosA和rosB这3种相同的耐药基因,有14株携带vat(F)和blaA基因,2株携带qnrD基因。经MLST分析共获得21种ST型,其中ST150型、ST726型、ST848型、ST143型、ST820型各有2株,其余ST型各1株,同一聚类簇的ST型别,其毒力基因和耐药基因较一致。【结论】辽宁省不同生肉来源的小肠结肠炎耶尔森菌ST型分布较分散,携带多种耐药基因,存在一定的耐药风险。; 王伟杰刘海霞李雪战杨孙婷婷魏彤竹厚安阳张眉眉; 关键词：小肠结肠炎耶尔森菌耐药基因全基因组测序多位点序列分型耐药表型

2022-2023年内蒙古自治区羊种布鲁氏菌多位点序列分型与体外抗生素敏感性试验: 2024年; 目的通过生化鉴定与分子生物型分型鉴定临床分离得到的布鲁氏菌,并测定羊种布鲁氏菌分离株对常见抗生素的体外敏感性。方法对29株2022—2023年内蒙古自治区(内蒙古)收集到的羊种布鲁氏菌进行生化鉴定、牛种羊种猪种犬种(AMOS)多重荧光定量聚合酶链式反应(PCR)、多位点序列分型(MLST),并选择了阿奇霉素、多西环素、利福平、环丙沙星、左氧氟沙星、链霉素、庆大霉素、头孢曲松共8种抗生素使用E-test药敏试纸条测定各菌株对抗生素的最小抑菌浓度(MIC)。结果AMOS多重荧光定量PCR与生化鉴定结果得到羊种1型9株、羊种2型6株、羊种3型14株,ST分型结果为MLST 8型28株、ST 12型1株。全部菌株对多西环素、链霉素、环丙沙星、左氧氟沙星、庆大霉素均敏感;20.68%的菌株对头孢曲松耐药;6.89%的菌株对利福平耐药;100.00%的菌株对阿奇霉素耐药,且MIC范围较其他地区显著增加,这种耐药性可能与地理分布或时间因素有关。结论利福平作为治疗布病的一线药物,耐药菌株的出现提示,应加强对利福平耐药性的监测工作,链霉素、环丙沙星、左氧氟沙星、庆大霉素均可能作为利福平耐药布病患者治疗的候选药物。; 左柯铭塔娜高静高静刘晓婷李鹏李鹏温永俊; 关键词：布鲁氏菌生化鉴定多位点序列分型最小抑菌浓度

单核苷酸多态性与核心基因组多位点序列分型技术在宋内志贺菌暴发疫情调查中的应用研究: 2024年; 目的对宋内志贺菌暴发菌株的全基因组聚类特征进行比较分析,为全基因组比对溯源分析算法的建立和优化提供参考。方法选取2017年8月河南省某寄宿制初中食物中毒事件中的17例腹泻病例,每个病例采集粪便拭子1份,提取细菌DNA进行全基因组测序,测序数据经质控过滤、拼接组装后进行全基因组单核苷酸多态性(wgSNP)和核心基因组多位点序列分型(cgMLST)分析。结果经分离培养、系统生化鉴定和血清学分型,共鉴定出17株宋内志贺菌。wgSNP分析将17株宋内志贺菌分为3个主要分枝,分枝3内对应病例的分枝事件频度和时空跨度都较大。cg MLST分析将17株宋内志贺菌暴发菌株归为同一分枝。结论wgSNP与cgMLST测序分析技术各有优劣,可以为肠道腹泻传染病日常监测和暴发控制提供参考依据。; 郝潇赵嘉咏宋威蓉胡赢心穆玉姣; 关键词：宋内志贺菌全基因组单核苷酸多态性

产酸克雷伯菌核心基因组多位点序列分型方案被引量：1: 2023年; 目的对产酸克雷伯菌进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)并探索产酸克雷伯菌克隆群(clonal groups,CGs)在国家或地区层面上的遗传多样性。方法chewBBACA被用作GbG(gene-by-gene)分析的生物信息学管道,从整个物种的基因组序列中进行集群识别,以构建和验证产酸克雷伯菌的cgMLST方案。公开获得的21个完整的产酸克雷伯菌基因组序列用于cgMLST方案的创建,386个不完整的产酸克雷伯菌基因组序列用于cgMLST方案的验证。结果建立了一个针对3356个核心基因的cgMLST(简称3356-cgMLST)方案。提出的3356-cgMLST方案实现了针对98%以上(400/407)的产酸克雷伯菌分离株基因组序列的分型。根据提出的3356-cgMLST方案,最终纳入分型的400株产酸克雷伯菌基因组序列中共确定了130个CGs。基于3356-cgMLST方案获得的CGs分布情况可以看出产酸克雷伯菌呈现出明显的多国家多地区传播现象。结论本研究为产酸克雷伯菌提供一个公开的3356-cgMLST方案,并揭示产酸克雷伯菌基因组序列呈现高度的遗传多样性,CG26为优势克隆群。; 陈胜林康雨童梁一赫徐帅邱小彤李芳刘雪萍李振军; 关键词：产酸克雷伯菌基因分型

2014-2020年四川省人间布鲁氏菌病分离菌株多位点序列分型研究被引量：1: 2023年; 目的了解四川省人间布鲁氏菌病(简称布病)分离菌株的分型情况。方法66株菌株分离自2014-2020年四川省人间布病确诊病例,分别应用BCSP31-PCR、AMOS-PCR方法对分离菌株进行属、生物型鉴定;选用多位点序列分型(MLST)-9方法对分离菌株进行分型实验,通过在线全球MLST数据库对比序列型(ST);并通过BioNumerics 7.6软件,使用最小生成树(MST)对新发现和已知ST序列进行聚类分析。结果2014-2020年四川省自人间布病确诊病例分离的66株菌株均为布鲁氏菌属,其中羊种布鲁氏菌65株,牛种布鲁氏菌1株。存在3个已知ST(ST-8、ST-39、ST-2)和1个新发现型别(ST-101)。其中,ST-8为四川省主要ST(90.91%,60/66),另有4株羊种布鲁氏菌为ST-39,1株牛种布鲁氏菌为ST-2。新发现型别ST-101于2019年分离自乐山市,属羊种布鲁氏菌克隆群,与ST-8进化关系紧密。结论四川省布鲁氏菌主要流行株为羊种布鲁氏菌,主要基因型为ST-8,同时存在少量ST-39、ST-101、ST-2。; 李文博赵士程高丹罗春花曾林子廖虹瑜祁腾徐立新; 关键词：布鲁氏菌多位点序列分型分子分型

妊娠35~37周女性定植B族链球菌的血清和多位点序列分型及其相互关系被引量：2: 2023年; 目的探讨北京某妇产医院妊娠35~37周女性生殖道和消化道定植的B族链球菌(group B streptococcus,GBS)的血清分型、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)及其之间的关系,为临床防治GBS感染以及疫苗的研制提供参考依据。方法妊娠35~37周女性常规进行阴道、直肠拭子联合采样,通过细菌培养、鉴定,分离GBS菌株,利用多重聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术及第一代测序分别进行荚膜多糖血清分型和MLST分型,并通过统计学方法分析两种分型之间的关联性。结果 147名妊娠妇女定植GBS菌,其中共发现7种血清型,前三位分别是Ⅲ型占38.7%(57/147)、Ia型占35.3%(52/147)、Ib型占19.0%(28/147),另有2株未分型(non-typeable,NT)占1.4%(2/147);MLST分型共发现22种基因型,其中最主要的基因型是ST19占30.6%(45/147)、ST10占17.0%(25/147)、ST12占12.2%(18/147)、ST1占10.2%(15/147),另有3株菌为新发现的基因型占2.0%(3/147);GBS菌株主要血清型(Ia、Ib、Ⅲ)和MLST的主要分型(ST1、ST10、ST12、ST19)之间关联性存在统计学意义(χ^(2)=75.29,P<0.05),进一步计算了Pearson列联系数C=0.6。结论本研究中,最常见3种血清型(Ⅲ型、Ⅰa型、Ⅰb型)覆盖了93.2%妊娠妇女定植的GBS(137/147),GBS荚膜多糖三价结合疫苗包含上述三种血清型,提示该疫苗应用可能减少本地区围生期妇女GBS定植。ST19/Ⅲ、ST10/Ia和ST12/Ia型是妊娠妇女定植的主要序列型/血清型,为研制有针对性的GBS疫苗提供参考依据。另外,多位点序列分型中新序列型的发现补充了B族链球菌MLST数据库。; 刘晶董媛吉彤珍; 关键词：B族链球菌妊娠妇女血清分型多位点序列分型

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