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桔梗白花和紫花发育过程基因差异表达研究: 2025年; 为挖掘影响桔梗紫花花色形成基因和途径,利用百迈客云平台BMKCloud对桔梗白花和紫花3个时期(花蕾期、转色期、开放期)进行了转录组测序,筛选桔梗花青素代谢相关差异表达基因。筛选到5个KEGG通路与花青素代谢相关。本试验共筛选出11个参与花青素生物合成的候选基因,包括9个关键酶基因(HCT、CHI、DFR、F3′5′H、ANS、3'GT、CCR、NAR、HPPR)和2个糖基酶基因(β-葡萄糖苷酶BoGH3B和UGT79B6),持续表达影响桔梗紫花花色形成。本研究构建了桔梗紫花形成的表达调控通路,筛选出调控桔梗紫花形成的候选基因,为研究桔梗紫花的遗传和分子机制研究提供参考。; 齐书娅严一字金卓吴松权; 关键词：桔梗差异表达基因

基于生物信息学分析对结直肠癌与不同距离癌旁组织的基因差异表达的探讨: 2025年; 目的:通过生物信息学分析,探讨结直肠癌与不同距离癌旁组织中的基因差异表达的机制。方法:通过Illumina Novaseq 6000测序平台对所选标本进行真核mRNA测序。结果:表达量差异分析显示,在结直肠癌上缘组中差异表达基因共28000个,其中上缘差异表达上调基因11735个,差异表达下调基因16265个;在结直肠癌下缘组中差异表达基因共32438个,其中差异表达上调基因11477个,差异表达下调基因20961个。表达量差异火山图筛选出结直肠癌组织和不同距离癌旁组织中共有的下调基因有IGF2BP1、ADAM12、CDON、AKAP6、IGSF9B、LONR2、KCNB1。差异基因功能注释分析显示,差异基因主要参与细胞过程,参与的通路主要有新陈代谢、信号转导及免疫系统等。在发病机制方面主要存在于癌症方面、神经系统疾病及胃肠系统疾病等。差异基因富集分析显示,差异基因主要在心脏传导、胶原纤维组织、胶原蛋白分解过程等,富集的通路主要为人乳头病毒感染通路及P13K-Akt信号通路等。结论:差异基因IGF2BP1、ADAM12、CDON、AKAP6、IGSF9B、LONR2、KCNB1在结直肠癌组织与不同距离癌旁组织中表达下调。差异基因存在于细胞中,主要参与新陈代谢通路、信号转导通路及免疫系统通路。发病机制方面主要存在于癌症方面、神经系统疾病及胃肠系统疾病等。; 刘国芳郑连生汤泊夫邵国; 关键词：生物信息分析结直肠癌差异基因

NaCl胁迫下鹰嘴紫云英根系基因差异表达及相关通路分析: 2025年; 土壤盐渍化严重影响植物的生长和产量,限制农业生态经济的发展。鹰嘴紫云英作为优良生态草种、高效绿肥作物和优质蛋白饲草,探究其对NaCl胁迫适应性的分子机制,对提高鹰嘴紫云英的耐盐性,促进其在盐渍土中的栽培具有重要意义。本研究对NaCl胁迫下不同时间点(0、12、48和72 h)的鹰嘴紫云英根系进行转录组学分析,以探究鹰嘴紫云英对NaCl胁迫的响应机制。结果表明,与0 h相比,NaCl胁迫处理12、48和72 h后鹰嘴紫云英根系中分别有46051、45653和42869个差异表达基因,包括上调基因8027、10053和11042个,下调基因38024、35600和31827个。GO富集和KEGG富集显示,鹰嘴紫云英根系主要通过氧化还原酶活性、类黄酮生物合成和苯丙素生物合成等通路来响应NaCl胁迫。通过趋势分析,发现苯丙素生物合成和类黄酮生物合成通路的差异基因在胁迫处理48 h上调表达或恢复到初始量。C2H2、C3H、NAC、MYB、WRKY和bZIP等转录因子在胁迫处理不同时间点下均有表达,可能与鹰嘴紫云英的耐盐性密切相关。本研究结果为进一步探究鹰嘴紫云英耐盐机制提供了基础数据,也为后续提高鹰嘴紫云英的耐盐性提供了理论支撑。; 马婷陈奋奇王勇哈雪李亚君马晖玲; 关键词：鹰嘴紫云英转录组 NACL胁迫差异表达基因代谢通路

外源硒、碘对水稻剑叶基因差异表达及相关通路的影响: 2025年; 以南粳9108为试验材料,于水稻灌浆期在叶面喷施氨糖硒(Se)和氨糖碘(I),并以喷施清水作为对照(CK),处理后10 d取水稻剑叶用于转录组测序分析。结果表明:氨糖硒和氨糖碘处理下分别获得差异表达基因270和292个,其中共同检测到的差异表达基因42个。从GO富集分析来看,CK vs Se的差异表达基因主要富集于细胞组分、分子功能、跨膜运输、膜的组成部分、过渡金属离子结合和跨膜转运体活性等生物学功能;而CK vs I的差异表达基因主要富集在膜的内在成分、膜的组成部分、细胞外围、膜成分、细胞膜、阴离子跨膜转运体活性和萜烯合酶活性等生物学功能。KEGG功能富集结果表明,CK vs Se的差异表达基因主要富集在氮代谢、代谢途径、次生代谢物的生物合成等通路,初步筛选出3个硝酸还原酶基因Os08g0468100(OsNR1)、Os02g0770800(OsNR2)和Os08g0468700(OsNR1.2),1个延缓叶片衰老基因Os08g0140300(TDC1),且Os08g0140300(TDC1)与8个Pathways相关联,可能是外源硒响应的关键基因。CK vs I的差异表达基因仅显著富集在与苯丙素的生物合成,初步筛选了6个与木质素合成相关的基因Os08g0277200(OsCCR)、Os01g0294700(OsPOD)、Os03g0121200(prx33)、Os05g0135500(prx71)、Os06g0695500(prx90)、Os07g0677600(prx115)。研究结论可为进一步探究水稻外源硒、碘响应机制提供基础数据,也为后续的水稻硒、碘累积运转改良工作提供理论支撑。; 魏杰杜小凤李长成贾义乐陈紫岩张豪杰尹航梁双林吴传万章安康; 关键词：水稻基因差异表达转录组

穿心莲轮叶突变体m1活性成分及关键酶基因差异表达分析: 2025年; 为研究穿心莲轮叶突变体m1(经^(60)Co-γ射线辐照叶序为轮生)和穿心莲栽培品种的主要活性成分及其关键酶基因的表达情况,探究穿心莲轮叶突变体m1的优势及其分子机制。本研究采用HPLC法测定穿心莲轮叶变体m1和穿心莲栽培品种中的穿心莲内酯、新穿心莲内酯、14-去氧穿心莲内酯、脱水穿心莲内酯,并采用实时荧光定量PCR技术测定ApCPS关键酶相关基因ApCPS的表达差异。结果表明,穿心莲轮叶突变体m1的穿心莲内酯的含量是穿心莲栽培品种的1.38倍,新穿心莲内酯含量是穿心莲栽培品种的3.7倍。脱水穿心莲内酯含量是穿心莲栽培品种的1.5倍,穿心莲栽培品种的14-去氧穿心莲内酯是穿心莲轮叶突变体m1的4.1倍。整体上穿心莲轮叶突变体m1总内酯含量高于穿心莲栽培品种,但无显著性差异。穿心莲轮叶突变体m1的ApCPS基因的相对表达量为穿心莲栽培品种的1.60倍。穿心莲轮叶突变体m1在穿心莲内酯、新穿心莲内酯、脱水穿心莲内酯等有效成分和ApCPS基因表达量上具有优势,有效成分和相关基因的表达量高于穿心莲栽培品种。; 黄瑞华李娜徐丹胡斌盛杜勤

一种基于病理图像特征检测肿瘤驱动基因差异表达算法: 一种基于病理图像特征检测肿瘤驱动基因差异表达算法，包括步骤：1)病理图像的分割与过滤：选用癌症基因组图谱TCGA数据集中的组织切片；使用Ostu算法来检测所选区域是否存在组织细胞，用以区分背景区域；随后把组织切片slid...; 刘辉

NaCl胁迫下宁夏枸杞ABA代谢相关基因差异表达分析被引量：2: 2024年; 为解析宁夏枸杞响应NaCl胁迫的ABA代谢分子调控机制,检测NaCl胁迫下宁夏枸杞叶片脱落酸(ABA)含量变化,并利用RNA-seq和qRT-PCR技术研究NaCl胁迫下ABA代谢相关基因的差异表达规律。结果表明,不同浓度NaCl胁迫下,宁夏枸杞叶片中ABA含量随NaCl浓度的增加呈现增加趋势;通过转录组测序筛选得到21个ABA代谢相关的差异表达基因,从100 mmol/L、200 mmol/L、300 mmol/L NaCl处理下的宁夏枸杞叶片中检测到ABA代谢相关的差异表达基因分别有17、11、9个,qRT-PCR检测结果与转录组测序结果基本一致。宁夏枸杞通过相关基因的差异表达调控ABA代谢和信号通路,从而参与调控其响应NaCl胁迫。; 梁旺利于雯静胡进红宋繁王玲霞梁文裕; 关键词：宁夏枸杞 NACL胁迫代谢差异基因表达

利用基因差异表达进行茶树种质资源抗旱力预测的方法: 本发明属于生物技术领域，涉及一种利用基因差异表达快速预测不同茶树种质资源耐旱力的方法，包括以下步骤：1)对驻芽嫩枝进行采收；对每个种质资源待测茶树采收的嫩枝均分别进行如下步骤2)～3)；2)、嫩枝先全部插于水中1～2天，...; 陆建良杨雨思武珊珊池宁郑新强叶俭慧

基于转录组测序的菜心茎尖组织开花相关基因差异表达分析: 2024年; 【目的】基于转录组测序数据分析鉴定调控菜心抽薹开花相关的候选基因及信号通路,为今后阐明菜心抽薹开花调控分子机制及选育不同熟性菜心品种提供理论参考。【方法】对四九-19号(早熟型)和80天油绿(晚熟型)菜心的七叶期和现蕾期茎尖组织进行转录组测序,比较不同熟性菜心品种间及不同生长时期间的差异表达基因(DEGs),并对其进行GO功能注释及KEGG信号通路富集分析,结合FLOR-ID和UniProt数据库筛选出不同熟性菜心参与调控抽薹开花时间的候选基因及信号通路,通过实时荧光定量PCR验证转录组数据的可靠性。【结果】菜心茎尖组织转录组测序数据为81.93 Gb,经质控过滤后得到536679570条Clean reads,GC含量为47.24%~47.63%,Q20为97.11%~98.00%,Q30为91.97%~94.11%,平均87.98%的Clean reads比对上参考基因组。四九-19号菜心的七叶期和现蕾期间有1965个DEGs,80天油绿菜心的七叶期和现蕾期有6007个DEGs。GO功能注释结果显示,涉及分子功能的DEGs最多,主要注释为蛋白质二聚化活性、血红素结合和四吡咯结合等;其次是生物学过程,主要注释为小分子代谢过程、脂质代谢过程和离子运输等过程;细胞成分类别中,DEGs主要注释为核糖体、细胞器部分、染色体、核小体、蛋白质-DNA复合物和DNA包装复合体。KEGG信号通路富集结果显示,四九-19号菜心七叶期和现蕾期间的DEGs显著(Padj<0.05,下同)富集在光合生物中的碳固定及角质、木栓质和蜡生物合成等通路;80天油绿菜心七叶期和现蕾期间的DEGs显著富集在苯丙素生物合成、DNA复制和植物激素信号转导等通路。四九-19号和80天油绿菜心品种间有750个DEGs,其中16个为开花相关基因,涉及光周期途径、自主途径、赤霉素途径、春化途径、温度途径和年龄途径等,部分开花基因在2个菜心品种中表达量存在明显差异。实时荧光定量PCR检测结果与转录组测序�; 王帷千龚泽平陈妍娜李荣华黄红弟郭少龙李光光郭培国夏岩石; 关键词：菜心茎尖组织转录组

UHRF1在人乳腺癌细胞中调控基因差异表达的鉴定及分析: 2024年; UHRF1(ubiquitin-like with PHD and Ring finger domains 1)是一种维持DNA甲基化修饰的表观遗传调控因子,在胚胎发育和肿瘤发生发展及预后中发挥重要作用。研究鉴定了受UHRF1调控的差异表达基因,并对基因参与的细胞功能、代谢途径和疾病相关通路进行分析。提取UHRF1敲低细胞(MCF-7/shRNA-UHRF1)和对照组细胞(MCF-7/shRNA-Scramble)的RNA进行RNA-Seq测序,利用DESeq2软件对差异表达基因进行鉴定,并通过qRTPCR对部分基因进行验证。利用Gene ontology(GO)功能聚类、Kyoto Encylopedia of Genes and Genomes(KEGG)代谢通路富集分析、Disease ontology(DO)疾病聚类分析等方法分析差异基因的潜在功能。研究共鉴定出2926个受UHRF1调控的差异表达基因,与对照组相比,shRNA-UHRF1细胞中有1453个基因下调表达,1473个基因上调表达。GO和KEGG分析显示,差异表达基因主要参与细胞代谢、免疫调节、信号传导、心血管疾病和肿瘤发生等。DO功能富集分析显示这些基因参与癌症和神经性疾病。研究结果表明,表观遗传调控因子UHRF1介导的DNA甲基化可在转录水平上调控基因的差异表达,为UHRF1参与调控相关信号通路提供数据支持。; 宫春雪董钦才刘萱曹诚; 关键词：MCF-7细胞 RNA-SEQ 差异表达基因

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