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搜索到556篇“ 同源模建“的相关文章

细胞周期蛋白D2同源模建及其与CDKs抑制剂对接研究: 2023年; 细胞周期蛋白D2(CyclinD2,CCND2)在细胞中的异常表达会诱发肿瘤等疾病,设计高选择性CCND2药物对抑制肿瘤具有重要意义。本文选用PDB数据库中与CCND2一级序列同源性最高的3G33为模板蛋白建模,通过Loop环区能量优化最终得到具有较高合理性和可信度的三维蛋白结构模型,最优模型VerifyScore为100.920,预测获得10个可能的活性位点。构建药物小分子的最低能量结构,将小分子对接至蛋白活性位点,根据对接模型确定不同药物小分子与蛋白活性位点的相互作用方式,筛选细胞周期依赖性激酶(CDKs)类似物作为药物小分子配体,实验结果对进一步研究CyclinD2的结构、功能具有理论指导意义,也为相关疾病的临床治疗奠定了理论基础。; 杜亚男陈靖峰先正平曹洪玉唐乾王立皓郑学仿; 关键词：细胞周期蛋白D2 细胞周期依赖性激酶同源建模分子对接

钠-葡萄糖转运蛋白2的同源模建研究: 2021年; 钠-葡萄糖转运蛋白2(SGLT2)是一类介导肾脏葡萄糖重吸收的葡萄糖转运蛋白,其抑制剂可减少葡萄糖的重吸收,促进尿液中葡萄糖的排泄,有效降低血糖水平,被认为是糖尿病治疗的新靶点。目前尚无可用的SGLT2晶体结构,这极大地限制了从天然活性物质中筛选和开发SGLT2抑制剂。运用计算机辅助药物设计的方法,通过同源模建对SGLT2的三维结构进行模拟,采用拉氏图、分子对接以及与实验活性对比等方法对模型质量进行评估。结果表明,所构建的SGLT2三维模型合理、可靠,可用于开展基于结构的虚拟筛选,或为开发新型、高效、安全的非糖苷类SGLT2抑制剂提供参考。; 姜丽丽廖和睿张中民张瑞华徐尤佳高如雨刘勇; 关键词：分子模拟同源模建

松针鞘瘿蚊气味结合蛋白TjapOBP1的同源模建及活性气味分子的筛选被引量：1: 2021年; 【目的】松针鞘瘿蚊是近几年新发现入侵我国的林业有害生物,已经在山东省青岛市黄岛区造成了以黑松为主的沿海防护林大面积衰弱枯死。作为新入侵种对于松针鞘瘿蚊的防控基础研究极为薄弱,为了研发有效的防控技术,尽快遏制该虫的严重危害,避免进一步扩散,本文从松针鞘瘿蚊的寄主识别机制出发,以期开发针对性的引诱剂来进行监测诱杀。【方法】本研究基于松针鞘瘿蚊触角转录组数据筛选到的气味结合蛋白TjapOBP1的序列,通过同源模建的方法,得到了蛋白三维结构模型,利用Procheck、Verify_3D和ERRAT程序评估模型的可靠性。通过AutoDock软件将TjapOBP1与黑松针叶挥发物中测得的67种气味分子进行分子对接。【结果】同源模建结果显示,模建蛋白的氨基酸有95.5%落在最佳合理区,83.3%的氨基酸评分大于0.2,模建结构的误差值在73.2%,这表明此次构建的松针鞘瘿蚊气味结合蛋白TjapOBP1三维模型有很高的可靠性。分子对接结果显示,β-月桂烯与TjapOBP1的结合效果最好,结合能为−5.26;另外,2,6-二甲基辛-1,5,7-三烯-3-醇、乙酸橙花酯、桧烯、乙酸薰衣草酯和1-异丙基-4-亚甲基二环[3.1.0]己-2-烯,这5种化合物与TjapOBP1的结合能依次升高,但均在−5.0以下。上述6种化学物质均有可能是能够被松针鞘瘿蚊TjapOBP1识别并结合的气味物质。【结论】三维结构模型的构建,为进一步研究松针鞘瘿蚊OBP的功能奠定基础。分子对接初步筛选了可能与TjapOBP1特异性结合的寄主挥发物,从而为引诱剂的开发提供支撑。; 朱蕊焦继鹏孙慧敏武海卫陶静; 关键词：气味结合蛋白同源模建分子对接

基于机器学习的虚拟筛选模型构建和PAR4蛋白的同源模建及结构验证: 机器学习是人工智能(Artificial Intelligence,AI)的一个重要组成部分,可通过计算机模拟人类学习过程以积累经验和技能,并可对所学习到的知识框架进行重新组合以提升其预测性能。机器学习方法已被应用于新药...; 马威; 关键词：同源模建分子动力学分子对接

人酪氨酸酶的同源模建研究被引量：3: 2020年; 酪氨酸酶是皮肤黑色素生物合成过程中的限速酶,其抑制剂作为皮肤脱色剂具有重要的商业价值.目前尚无可用的人酪氨酸酶晶体结构,极大地限制了人酪氨酸酶抑制剂的研究.以人酪氨酸酶相关蛋白-1的晶体结构为模板,利用同源模建法对人酪氨酸酶的三维结构进行了模拟,采用分子对接对曲酸与人源模型和蘑菇酪氨酸酶的结合模式进行比较.随后采用分子动力学方法获得了稳定的复合物结构以获得更详细的信息.该研究为接下来的人酪氨酸酶抑制剂的虚拟筛选打下了基础,也为基于曲酸结构开发更高效的人酪氨酸酶抑制剂提供了思路.; 周游王远强何清秀; 关键词：同源模建分子动力学

吉马烯A合酶的同源模建及分子对接: 2020年; 在吉马烯A合酶的催化作用下,法尼基焦磷酸(farnesyl pyrophosphate,FPP)可生成抗癌药物β-榄香烯.为了提高β-榄香烯的产量,采用分子模拟和对接的方法,分析吉马烯A合酶活性位点的关键氨基酸,以期获得酶活高、产物单一的吉马烯A合酶.以加拿大一枝黄花(Solidago canadensis)中吉马烯A合酶(GenBank:AJ304452.1,Sc-GAS)为优化对象,首先,使用MODELLER 9.2、InsightⅡ的Lib Dock、Calculate Mutation Energy、Build Mutants等程序对其进行同源模建、分子对接及虚拟突变体的构建,然后基于SNAP2饱和诱变及氨基酸的ConSurf分析氨基酸的改变对吉马烯A合酶功能的影响.研究结果表明,有23个氨基酸对吉马烯A合酶的活性有重要作用,有4组单突变能增强吉马烯A合酶的热稳定性及与FPP结合的亲和力.; 霍晋彦曹洪玉储晓慧冯宝民于宗霞; 关键词：同源模建活性位点分子对接

草菇UBEV2蛋白同源模建筛选其小分子抑制剂被引量：4: 2020年; 草菇(Volvariella volvacea)具有典型的低温自溶特征,基于草菇低温自溶与一个泛素结合酶E2(ubiquitin-conjugating enzyme,UBE2)高表达及活性相关,采用虚拟筛选法获得潜在的草菇UBEV2抑制剂小分子化合物。结果表明:在2轮虚拟筛选方法得到500个靶中化合物的基础上,综合考虑可与UBEV2上的Thr73、Gly77、Ile78、Phe84、Gly85、Asp86、Tyr87、Asp79形成多个氢键,以及Ile78、Leu83、Phe84、Asp86、His138、Ile141等形成较强的疏水作用,最终人工挑选得到150个小分子化合物,对接打分值区间为6.58~8.06。抗冻实验结果提示筛选的化合物能够减轻低温对草菇的伤害。; 万佳宁尚俊军汪滢李正鹏王莹唐利华茅文俊汪虹鲍大鹏龚明; 关键词：草菇

eEF2K蛋白同源模建及其抑制剂小分子的虚拟筛选研究被引量：2: 2019年; 目的:筛选潜在的真核生物延伸因子2激酶(eEF2K)抑制剂小分子,为eEF2K抑制剂的设计和研发提供参考。方法:采用同源模建技术构建eEF2K蛋白晶体结构模型,并进行Loop优化和分子动力学优化,借助SAVES在线服务器从Verify3D、EERAT和拉氏图等3个方面对上述模型进行评估。收集55个eEF2K抑制剂小分子,使用InsightⅡ软件以其中的28个(编号为奇数,设为训练集)为基础构建具有活性预测能力的Hypogen药效团模型,以另外27个(编号为偶数,设为测试集)进行验证,通过拟合活性[即半数抑制浓度的负对数(p IC50)]预测值与真实值并借助Ligand profiler热图筛选最优药效团模型。结合上述药效团模型和Lipinski五规则、分子对接方法进行eEF2K抑制剂小分子的虚拟筛选。结果与结论:所建eEF2K蛋白晶体结构模型的整体质量因素得分为93.697,其中83.33%的氨基酸Verify3D得分≥0.2,且位于不允许区的氨基酸占氨基酸总数的1.7%,其氨基酸构象及骨架结构合理,模型可靠性高。共构建了9个具有活性预测功能的Hypogen药效团模型(02~10号),其中03号药效团模型包含2个氢键受体和2个共轭芳香环,可更好地区分活性及非活性分子,其pIC50预测值与真实值拟合最好(相关系数为0.665 3),具有较好的预测能力和较高的可靠性。通过虚拟筛选最终获得9个潜在的eEF2K抑制剂小分子(pIC50预测值为1.074~1.185,分子与蛋白相互作用的Dcoking-score得分为-9.730^-7.467),其中Pro268、Asp267、Gln171、Phe121、Glu212可能是e EF2K抑制剂与靶点蛋白相互作用的关键氨基酸,作用方式包括氢键、盐桥、疏水等。上述分子有望成为e EF2K抑制剂研发的先导化合物。; 黎玉梅孔研于大永宋昱唐川史丽颖; 关键词：同源模建分子对接

一种基于片段和图论的配体--蛋白质对接方法及用同源模建受体结构的对接测试: 计算分子对接被广泛应用于蛋白质-配体结合研究和基于结构的药物设计。在蛋白质-配体对接研究中，受体蛋白的三维结构极为关键。当受体结构来源于配体-受体复合物晶体结构且其中配体与对接的目标配体高度相似时，各类对接方法的表现往往...; Sara Sarfaraz; 关键词：蛋白质

小菜蛾GluClR同源模建及与阿维菌素类化合物的对接被引量：1: 2018年; 阿维菌素类生物杀虫剂作用于谷氨酸门控氯离子通道受体(Glu Cl R),该受体是杀虫剂的重要作用标靶之一,对其深入研究,可以开发新型杀虫剂。为研究阿维菌素类杀虫剂的作用机理,开发更高效、安全的阿维菌素衍生物。本研究以实验解析得到的秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)Glu Cl三维结构为模板(PDB:3RHW),同源模建了小菜蛾(Plutella xylostella)Glu Cl受体三维结构,将模建的小菜蛾Glu Cl受体分别与阿维菌素(AVM)、伊维菌素(IVM)及埃玛菌素(EMA)进行分子对接。结果表明,这三个化合物对接模式相近,主要是糖环部分嵌入受体M1与M2亚基之间,埃玛菌素与小菜蛾Glu Cl受体对接打分明显优于伊维菌素和阿维菌素。本研究结果对阿维菌素的进一步衍生化具有理论指导意义。; 巨修练王天华徐闻曦胡琦薇舒启超郑小娇刘根炎; 关键词：阿维菌素同源模建分子对接生物农药

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