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搜索到579篇“ 同源建模“的相关文章

Bw.03的分子生物学研究及分子同源建模: 2025年; 目的对1例ABO血型B亚型进行分子生物学研究,并对突变后的酶进行三维建模预测。方法采用试管法及微柱凝胶法鉴定ABO表型;采用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)检测ABO血型基因,并对ABO基因第6、7外显子序列进行测序分析;通过Modeller10.4对糖基转移酶进行同源建模,应用PyMOL2.5.0软件进行分析。结果先证者标本血清学正定型B抗原减弱,反定型存在抗-B;PCR-SSP检测结果显示存在B、O基因,测序结果显示在B基因第7外显子发生c.721 C>T突变,导致p.Arg241Trp。同源建模与野生型相比,Bw.03糖基转移酶(GT)结构局部发生改变,分子间作用力分析显示241位原有的3个氢键全部消失。结论血型分子生物学检查有助于疑难血型的准确定型;同源建模能更直观的显示Bw.03 GT活性变弱的关键位点,分子间作用力分析能解释酶活性变弱的根本原因。; 王莉孔永奎靳慧芳刘欣谢莹刘雪常艳丽王雅芳杨淑淼朱迪杨乾坤; 关键词：分子生物学同源建模

基于同源建模和虚拟筛选松材线虫海藻糖磷酸酶抑制剂的发现研究: 2025年; 采用同源建模技术和虚拟筛选方法,从天然产物化合物库中筛选出环境友好型松材线虫海藻糖磷酸酶抑制剂。通过同源建模构建松材线虫TPP的三维蛋白结构,并结合AUC、EF值等参数评估对接模型的活性分子富集能力,筛选出与TPP结合能低于阈值的化合物并通过T.E.S.T毒性预测软件和类农药性评估,以确保其毒性水平在安全范围内;进行杀线虫实验,结合可视化分析,以验证其杀虫活性及作用机制。结果显示:同源建模得到的对接模型具有优异的活性分子富集能力,基于该模型筛选出天然产物芦竹碱,杀线虫活性测试表明,在1 mg·mL^(-1)浓度下,72 h对松材线虫的校正致死率为98.5%,LC50值为0.056 g·L^(-1),表明芦竹碱具有显著杀虫效果;通过分析杀虫作用机制发现,芦竹碱可与靶点蛋白通过氢键和疏水相互作用形成稳定的复合物,从而抑制松材线虫体内海藻糖磷酸酶的活性,影响线虫的生命活动。研究结果表明,基于同源建模、虚拟筛选研究及活性测试的研究策略相结合可以有效地发现环境友好型松材线虫抑制剂,研究为从天然产物化合物库筛选出杀线虫剂的先导化合物提供了理论依据。; 杨鑫陈双扣黄夏陈秋月朱万宏王瑜陈俊杰; 关键词：松材线虫病分子对接

一种基于同源建模和分子对接筛选KDM3A抑制剂的方法: 本发明涉及生物分子结构预测领域，具体公开了种基于同源建模和分子对接筛选KDM3A抑制剂的方法，包括KDM3A同源性蛋白结构获取、KDM3A蛋白序列与模板结构进行序列比对、同源模型并验证模型质量、KDM3A模型结构优化、筛...; 杨波崔建蓉江英强

基于同源建模和分子对接技术研究不同物种乙酰胆碱酯酶和有机磷农药的相互作用被引量：1: 2024年; 研究25种有机磷农药与30个不同物种乙酰胆碱酯酶(Acethlcholinesterase, AChE)的相互作用,分析分子结合过程中的关键氨基酸残基所产生的正向作用,并阐明内在结合机制。旨在为对有机磷农药敏感的AChE定点突变寻找潜力位点和为有机磷农药中毒的治疗在分子结构层面提供理论依据。30个物种AChE蛋白质序列来自于NCBI和Uniport;25种有机磷农药二维结构分子来自于ZINC15在线检索器,三维结构模型使用Chem 3D软件生成;模板蛋白晶体结构来自于ProteinDataBank数据库;同源建模采用SWISS-MODEL服务器进行3D结构建模;采用UCLA-DOELAB-SAVESv6.0在线服务器进行模型质量评估;分子对接采用Discovery Studio 2019软件中Flexible Docking模块进行。同源建模结果经过SAVESv6.0服务器的ERRAT、Verift-3D和PROCHECK程序评估质量可靠可进行下一步分子对接研究。分子对接结果显示绝大部分物种的AChE对25种有机磷农药都有亲和力,仅个别有机磷农药对某些物种未体现出对接构象,而不同物种与不同有机磷农药分子以氢键、疏水作用等相互作用提供结合力,分子作用模式符合外周阴离子位点、酰胺骨架、酰基口袋、氧离子洞和芳香引导机制等乙酰胆碱酯酶功能位点假说。与大部分有机磷农药展现出普遍亲和力的物种如家蝇、桔小实蝇、三化螟和斜纹夜蛾等可作为有机磷农药快检的新酶源开展研究。; 王佳琪; 关键词：有机磷农药乙酰胆碱酯酶同源建模分子对接

咖啡豹蠹蛾普通气味结合蛋白ZcofGOBP1和ZcofGOBP2同源建模及其与杜仲挥发物分子对接: 2024年; 【目的】为揭示钻蛀性害虫咖啡豹蠹蛾Zeuzera coffeae选择杜仲作为寄主的嗅觉识别机制。【方法】借助咖啡豹蠹蛾转录组数据开展普通气味结合蛋白(General odorant binding proteins,GOBPs)基因鉴定,然后通过同源建模和分子对接预测了这些蛋白与杜仲挥发物的结合特性。【结果】从咖啡豹蠹蛾中鉴定得到2个普通气味结合蛋白基因(ZcofGOBP1和ZcofGOBP2),这2个基因编码的蛋白为水溶性蛋白,包含6个α螺旋和6个保守的半胱氨酸残基。同源建模发现ZcofGOBP1和ZcofGOBP2的保守半胱氨酸残基参与了3个二硫键的形成,这些二硫键将α-螺旋约束呈特定的立体结构,α-螺旋围绕的空间形成了一个开口位于蛋白表面的配体结合空腔。分子对接发现,ZcofGOBP1与植醇、11,14,17-三烯酸甲酯等5种杜仲挥发物结合能小于-7 kJ/mol,ZcofGOBP2与软脂酸乙酯和大马烯酮等5种杜仲挥发物结合能小于-7 kJ/mol;氢键、共价键、范德华力在这两个蛋白与配体的相互作用中发挥了重要作用。【结论】咖啡豹蠹蛾ZcofGOBP1和ZcofGOBP2是具有配体结合空腔的可溶性蛋白,可能通过结合和转运寄主挥发物分子参与该虫对杜仲的嗅觉识别。; 黄星瑞邹洁杨洁文玺黄兴龙; 关键词：咖啡豹蠹蛾分子对接普通气味结合蛋白挥发物

一种关于人乳头瘤病毒中L1蛋白的同源建模算法: 2023年; 人乳头瘤病毒与宫颈癌等恶性肿瘤的发病率密切相关,从市场疫苗研究基础和病毒组成角度上,其位于晚期转录区的L1蛋白都起到至关重要的作用。目的:获取人乳头瘤病毒中L1蛋白的蛋白模板并通过自主建模方式解析其五聚体结构。方法:首先,采取数据库检索对比,获取大量不同亚型的人乳头瘤病毒的L1蛋白结构序列;利用Align序列对比分析,使用SWISS-model同源建模法,计算得到自主建立的蛋白模型,深度分析模型中L1蛋白的疏水簇结构,氢键网络,盐桥结构,相互接触图,并将其进行统计学分析。结果:采用SWISS-model同源建模法获得的蛋白统计学上可信度高,数据分析可用于关于L1蛋白结构的具体研究中。结论:对于L1蛋白结构的现有研究基本是解析其五聚体结构,分析L1蛋白五聚体内部状态,以期望从结构角度深入了解L1蛋白,了解其在疫苗开发中的重要作用,发掘在未来可供药物研究的结构位点基础。; 刘洁; 关键词：人乳头瘤病毒 L1蛋白同源性蛋白结构

同源建模技术在先天性心血管疾病机制研究中的应用: 2022年; 先天性心血管疾病是一类由于遗传、环境及妊娠期感染等多因素相互作用而导致的先天性疾病,但确切的病因迄今尚不清楚。随着研究的逐步深入,越来越多的证据表明遗传因素在其发病机制中发挥重要作用。在心脏胚胎发育的过程中涉及许多基因的参与,这些基因如果发生突变往往会导致先天性心血管疾病。同源建模作为一种通过计算机算法预测由于基因突变导致所形成的蛋白质结构及功能发生改变的技术,在先天性疾病发病机制研究中的应用已成为未来的趋势。该文旨在对同源建模技术在先天性心血管疾病发病机制研究中的应用进行综述。; 孙祺(综述)刘彩霞(审校者); 关键词：先天性心血管疾病同源建模基因突变

基于药效团模型与同源建模技术的邻苯二甲酸酯生物降解增强研究: 邻苯二甲酸酯(phthalic acid esters，简称PAEs)，又名酞酸酯，是一类广泛应用于塑料等工业领域和消费领域的无卤草酸盐。PAEs具有高脂溶性、低水溶性、高辛醇-水分配系数等一系列特征，在土壤、污泥、水体...; 周梦莹; 关键词：邻苯二甲酸酯生物降解药效团模型同源建模

大豆球蛋白A1a亚基同源建模及抗原表位的预测被引量：1: 2022年; 为探究大豆球蛋白A1a(Glycinin A1a)亚基的线性B细胞表位,在美国国家生物信息技术中心(National Center of Biotechnology Information,NCBI)数据库中索引到Glycinin A1a亚基的氨基酸序列,利用一系列生物信息软件对该亚基进行一级结构、二级结构分析,预测出的线性B细胞表位为^(24)EQPQQN^(29)、^(40)KPDNRI^(45)、^(56)NPNNK^(60)、^(80)RRPSYTNG^(87)、^(114)PQQPQQRGQS^(123)、^(197)QEQGGHQSQKGKHQQEEENE^(216)、^(247)NEGED^(251)、^(267)PPTDEQQQRP^(276)、^(285)DEKPQCKGK^(293)、^(299)RPRGS^(303)。再使用SWISS-MODEL对Glycinin A1a亚基的三级结构完成同源建模,使用DiscoTope 2.0 Server对大豆球蛋白A1a亚基进行构象表位预测。这为进一步探究大豆致敏表位缩小了范围,为后期大豆球蛋白A1a亚基过敏原检测提供参考。; 付杨席俊陈慧彬陈阳; 关键词：同源建模生物信息学

G蛋白偶联受体34同源建模及其与lysoPS类似物对接研究被引量：2: 2022年; G蛋白偶联受体34(GPR34)在肥大细胞、肿瘤组织和人体免疫器官中高度选择性表达,但因属于膜蛋白,其三维结构难以测定,不能从分子水平上分析其与药物作用情况。本文选用PDB数据库中与GPR34一级序列同源性最高的4NTJ为模版蛋白进行同源建模,运用拉氏图和Profile-3D进行评估,通过加膜限制和loop区能量优化等方法最终得到合理并且可信度高的3D结构模型。最优模型Verify Score为124.97(期望Verify Score值区间为69.071 1~153.491),预测分析得到14个可能的活性位点。通过最陡下降法和共轭梯度法构建GPR34激动剂分子的最低能量结构,将激动剂分子与预测的蛋白3D结构模型上的活性位点进行分子模拟对接,根据对接模型比较不同激动剂分子与不同蛋白活性位点的相互作用。实验结果对设计GPR34激动剂分子和进一步研究GPR34的结构和功能具有理论指导意义。; 姜媛肖冰茹曹洪玉; 关键词：同源建模活性位点分子对接

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