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大眼鳜sIgM基因全长cDNA序列的扩增方法
本发明公开了大眼鳜sIgM基因全长cDNA序列的扩增方法,通过扩增获得大眼鳜分泌型免疫球蛋白sIgM重链基因全长cDNA序列全长1952bp,起始密码子ATG的上游有49bp非编码区,终止密码子ATT下游有包含Poly...
夏虎罗玉双陈宁琳杨品红
小麦肉桂醇脱氢酶基因(TaCAD1)全长cDNA序列及生物信息学分析
2022年
小麦(Triticum aestivum)是世界三大主粮之一,倒伏严重制约了小麦产量的提高。小麦肉桂醇脱氢酶基因(TaCAD1)是小麦木质素合成的关键基因,小麦体内木质素含量越高,茎秆强度越高,抗倒伏能力随之增强。为了探明小麦肉桂醇脱氢酶基因的生物学功能,对TaCAD1基因编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明:TaCAD1基因cDNA序列全长1311bp,包含1个长度为1083bp的开放阅读框(ORF),编码360个氨基酸。TaCAD1蛋白等电点(pI)为5.74,分子量为38625.45 Da,其不稳定系数为23.91,属于稳定蛋白质。推导的TaCAD1蛋白为疏水性蛋白,不存在跨膜区,可能位于细胞质内,该蛋白的二级结构元件主要为无规卷曲。TaCAD1蛋白在进化过程中较为保守,与节节麦、大麦、高羊茅、黑麦草、短花药野生稻CAD蛋白的一致性达94.81%。研究结果为进一步探究TaCAD1在小麦抗倒伏过程中的作用及小麦抗倒伏的分子育种提供参考。
卢雯瑩葛昌斌曹燕燕黄杰乔冀良张振永王君齐双丽廖平安
关键词:小麦肉桂醇脱氢酶生物信息学分析
大眼鳜sIgM基因全长cDNA序列的扩增方法
本发明公开了大眼鳜sIgM基因全长cDNA序列的扩增方法,通过扩增获得大眼鳜分泌型免疫球蛋白sIgM重链基因全长cDNA序列全长1952bp,起始密码子ATG的上游有49bp非编码区,终止密码子ATT下游有包含Poly...
夏虎罗玉双陈宁琳杨品红
文冠果MAPK16基因全长cDNA序列与生物信息学分析
2020年
为探明文冠果MAPK16基因的生物学特征及功能,根据文冠果de novo转录组数据搜索MAPK16基因的cDNA序列(XsMAPK16),并对XsMAPK16基因全长cDNA序列进行生物信息学分析。结果显示,XsMAPK16基因cDNA序列包含1个长度为1677bp的完整ORF,可编码558个氨基酸。XsMAPK16蛋白大部分区域为亲水区,由235个ɑ螺旋、232个无规则卷曲,59个延伸链、32个β转角构成。依据2gcc.1.A同源建模法,获得1个三级结构模型,该模型从第12个氨基酸开始到第362个氨基酸结束。XsMAPK16蛋白与12种其他植物MAPK蛋白的同源性分析显示,文冠果MAPK16与甜橙MAPK的同源性最高(94.93%)。该结果将为解析文冠果抗旱的调控机制提供新的理论基础,并为文冠果的抗旱育种提供新思路。
文嗣鑫王莉邓金兰纪冬颖王兵徐世琦
关键词:亲水性同源性
文冠果ABI3转录因子全长cDNA序列与生物信息学分析
2019年
文冠果是我国北方特有的优良木本食用油料树种。ABI3是种子发育过程中重要的转录调控因子。根据文冠果转录组数据获得ABI3基因序列(XsABI3),并对XsABI3基因的cDNA进行生物信息学分析。结果表明,XsABI3基因cDNA序列含有一个长度为1 977 bp的完整ORF,可编码658个氨基酸。XsABI3转录因子中的氨基酸大部分表现亲水性,由200个α螺旋、39个延伸链、14个β-转角、405个无规则卷曲构成。通过5yzy.1.C同源建模法,得到1个三级结构模型,该模型从第576个氨基酸开始到第650个氨基酸结束。XsABI3氨基酸序列与其他11种植物的ABI3氨基酸序列进行同源性比较表明,文冠果ABI3与甜橙的ABI3同源性最高(67%)。该研究结果将为研究文冠果种子生长发育及其油脂合成积累的调控机制提供新的理论基础,也为文冠果高油种质的分子育种工作提供重要参考。
张彤艾俊含李林妍潘娜敏孙晓彤
关键词:CDNA同源性
木本油料文冠果APETALA2基因全长cDNA序列与生物信息学分析被引量:3
2018年
文冠果是我国北方特有的木本油料树种。AP2是植物种子发育调控的重要转录因子。根据已获得的文冠果转录组数据搜索文冠果AP2基因序列(XsAP2),并对XsAP2基因全长cDNA序列进行生物信息学分析。结果表明,XsAP2基因cDNA序列包含1个长度为1 548 bp的完整ORF,编码515个氨基酸。XsAP2蛋白大部分区域为亲水区,由136个ɑ螺旋、89个延伸链、43个β-转角、247个无规则卷曲构成。依据2gcc.1.A同源建模法,获得1个三级结构模型,该模型从第153个氨基酸开始到第213个氨基酸结束。XsAP2蛋白与9种其他植物AP2蛋白的同源性分析显示,文冠果AP2与可可AP2的同源性最高(71%)。该结果可为解析文冠果种子生长发育的分子调控机制提供理论依据,并有助于文冠果油品质改良和文冠果分子育种工作。
刘晓辉马静怡罗媛李志民王莉
关键词:CDNA同源性
中国大鲵Sox2基因全长cDNA序列的克隆及组织表达分析被引量:2
2018年
Sox2是Sox转录因子超家族B1亚族成员之一,对胚胎发育和神经细胞的维持有重要作用。本研究以中国大鲵(Andrias davidianus)性腺组织为材料,通过RT—PCR和RACE方法成功克隆到中国大鲵Sox2基因全长2233bp cDNA。系统进化树分析表明,中国大鲵与红腹蝾螈、火焰蝾螈及六角恐龙聚成一支,这与其在两栖类中分化较早相一致。实时荧光定量PCR检测S础2基因在中国大鲵组织表达结果显示,其在性腺中的表达量最高,肾脏中次之,在肠道中几乎不表达,表明Sox2基因可能在大鲵性腺发育和生长发育过程中发挥了重要作用。这为今后进一步研究Sox2基因在大鲵性别分化中的功能提供了参考。
何青刘静刘丽丽张向伟黄林艳李成磊李蓉王勤
关键词:SOX2基因克隆
大黄鱼免疫球蛋白M重链基因全长cDNA序列的克隆与表达被引量:2
2018年
从本实验室自建的大黄鱼表达标签数据库中获取了大黄鱼免疫球蛋白M重链(LcIgMH)基因片段,并以此设计SMART-RACE引物,最终得到1917 bp的全长c DNA序列。经分析发现其含6 bp的5'非编码区(5'UTR)、176 bp的3'UTR以及1738 bp的开放阅读框(ORF);预测的ORF共编码584个氨基酸,蛋白质分子量为65. 2 ku,等电点为5. 84;利用Singal P 4. 1 Server发现其5'端含有信号肽(1-19 aa);Blast P Server的结果显示,其与红笛鲷的IgMH序列一致性最高,达到64%;利用IMGT/Domain Gap Align进行重链可变区与恒定区预测,发现含有1个重链可变区与4个重链恒定区,同时,预测还发现可变区含有典型的3个高变区与4个骨架区结构。实时荧光定量PCR结果显示该基因在头肾与脾脏中大量表达,并显著高于其他各组织,同时雌雄鱼LcIgMH在各组织中表达量均无显著性差异,表明LcIgMH表达与性别无关。注射副溶血弧菌进行感染4 d后,脾脏内LcIgMH表达量最高,并且与对照组之间存在显著性差异(P <0. 05),但感染后第8天的表达水平已与对照组无显著性差异(P> 0. 05),显示LcIgMH与大黄鱼的免疫应答反应相关。
刘卫刚韩坤煌谢芳靖谢芳靖邹鹏飞王艺磊
关键词:大黄鱼副溶血弧菌基因表达定量PCR
利玛原甲藻三个ABC转运蛋白全长cDNA序列的获取及其在不同环境条件下的表达分析
ATP结合盒转运蛋白(ATP-binding cassette transporters,ABC)广泛存在于所有生命体中,包括8个亚家族,在次生代谢物、外源异生物质的跨膜转运以及代谢解毒与植物抗自毒等方面具有重要功能。作...
古松
关键词:ABC转运蛋白利玛原甲藻
卵形鲳鲹耐低温候选基因△6FAD全长cDNA序列的克隆与表达分析被引量:3
2015年
采用c DNA末端快速扩增(Rapid amplification of c DNA ends,RACE)技术克隆了卵形鲳鲹△6脂肪酸去饱和酶(△6FAD)的c DNA全长序列,并对其基因和蛋白序列结构特征进行了生物信息学分析,同时采用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)技术分析了该基因在不同温度条件下的表达差异及低温下的时序表达模式。结果显示,卵形鲳鲹△6FAD基因c DNA序列全长1 908 bp,其中开放阅读框为1 329 bp,3'非编码区431 bp,5'非编码区135 bp,共编码442个氨基酸;其编码蛋白属于疏水性蛋白,无信号肽特征,含有大量蛋白质二级结构和该家族典型的组氨酸富集区及细胞色素b5结构域。系统进化分析表明,卵形鲳鲹△6FAD基因与尖吻鲈、军曹鱼的△6FAD基因在进化关系上最为接近,其次是大菱鲆、蓝鳍金枪鱼和点带石斑鱼,但与斑马鱼、小鼠和人△6FAD基因进化关系较远。实时荧光定量PCR结果表明,该基因的表达与环境温度和胁迫时间存在明显相关性,其表达水平在降温过程中随温度降低而先缓慢下降后又迅速升高,在不同的低温环境下表现出不同的时序表达模式:13℃时,随时间延长该基因的表达量呈现先降低后又升高至原来水平的变化趋势,16℃和19℃时则表现出一种随时间延长逐渐降低的反馈式调节方式。
韩洪波王忠良陈刚汤保贵张健东黄建盛周晖施纲潘传豪
关键词:卵形鲳鲹CDNA克隆低温胁迫

相关作者

范燕萍
作品数:100被引量:686H指数:15
供职机构:华南农业大学
研究主题:基因 分子标记辅助选择 全长CDNA序列 花香基因 合成酶基因
刘吉平
作品数:296被引量:827H指数:16
供职机构:华南农业大学
研究主题:桑树 微孢子虫 家蚕 引物 家蚕微粒子病
余让才
作品数:72被引量:602H指数:13
供职机构:华南农业大学
研究主题:基因 分子标记辅助选择 全长CDNA序列 花香基因 合成酶基因
李昕悦
作品数:21被引量:1H指数:1
供职机构:华南农业大学
研究主题:基因 全长CDNA序列 分子标记辅助选择 合成酶基因 转基因植株
岳跃冲
作品数:23被引量:58H指数:1
供职机构:华南农业大学
研究主题:基因 全长CDNA序列 分子标记辅助选择 花香 合成酶基因