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云南省某鹅场鹅细小病毒检测与全基因组序列分析: 2025年; 2023年12月,云南省腾冲市某地鹅场雏鹅突然发病死亡,怀疑为鹅细小病毒(GPV)感染。为确定致病原,通过荧光定量PCR对临床病料样品进行了GPV核酸检测,并通过宏基因组测序对阳性样品全基因组进行了序列分析。结果显示;临床样品中检出GPV阳性核酸,将阳性样品命名为YN-2024;经测序,YN-2024基因组全长5049 bp,与GPV强毒株Virulent B和疫苗株SYG61v相比,有4段14 bp的基因缺失;进化树分析显示,YN-2024与鹅源分离株SQ0412、DY16、RC16、BD、DX的亲缘关系较近,与强毒株和鸭源细小病毒分离株的遗传关系较远。结果说明;该鹅场存在GPV弱毒株流行,流行毒株存在部分基因缺失,这可能会对病毒毒力和致病性产生影响。; 董路杜润何依蓉相德才赵珍曾邦权杨丽珠林尊诚段博芳; 关键词：鹅细小病毒小鹅瘟全基因组荧光定量PCR

2022年山东省鼠类汉坦病毒携带情况调查及其全基因组序列分析: 2025年; 目的分析2022年山东省淄博市鼠类携带汉坦病毒情况及病毒的遗传进化特征,为肾综合征出血热的科学防控提供参考依据。方法采用实时荧光定量RT-PCR检测试剂盒(Real-Time PCR Method)检测鼠肺中汉坦病毒核酸并鉴定汉坦病毒种类。设计引物,分节段扩增各基因片段,采用二代测序法对PCR扩增产物进行汉坦病毒全基因组测序。序列拼接采用DNA Star的子软件Seq Man 7.1.0.44进行,应用MEGA 7.0和Bioedit软件进行序列比对和进化分析。结果本次调查共捕获宿主动物270只,经检测共13份鼠肺样本为汉坦病毒阳性,带毒率为4.8%。成功获得4株汉坦病毒全基因组序列,均为汉城(SEOV)型。4份汉坦病毒阳性样本M基因核苷酸同源性较高,属于SEOV的S3亚型分离株,与河北、辽宁和北京的毒株具有高度相似性。核蛋白和糖蛋白免疫表位氨基酸序列与疫苗株Z37一致。结论本研究成功测定了山东省淄博市4株汉坦病毒的全基因组序列,其基因型以SEOV型为主,亚型为S3亚型,同亚型病毒基因同源性高,无明显变异。关键蛋白的免疫表位比对表明目前疫苗可能对当地流行株具有保护潜力,但仍需要进一步深入研究。; 刘昱薇姚明晓张金艳段青逄博翟文济李仁鹏寇增强; 关键词：汉坦病毒鼠类全基因组

2018-2024年上海市人腺病毒B亚属全基因组序列特征分析: 2025年; 为了解上海市人腺病毒B亚属(Human adenovirus species B,HAdV-B)基因序列及遗传进化特征,为人腺病毒(Human adenovirus,HAdV)相关疾病防控及疫苗研发提供科学依据,本研究选取了13例2018-2024年上海市HAdV-B感染病例样本进行全基因组序列测定并获得全基因组序列,利用生物信息学软件分析基因序列特征,解析HAdV-B基因突变情况及进化规律。基于主要抗原蛋白六邻体(Hexon)、五邻体(Penton)、纤维突蛋白(Fiber)基因及全基因组的进化关系树显示,13株HAdV-B中9株为HAdV-3型,4株为HAdV-7型,HAdV-3型与HAdV-7型型别内核苷酸相似度均高达99.9%。系统发育进化树显示本研究中9株HAdV-3型上海株与国内的参考毒株聚集于同一分支;4株HAdV-7型上海株与国内流行的HAdV-7d属于同一亚分支。选取代表株进行核苷酸相似度及重组分析,其中HAdV-3型与2018年北京株(MW748657)相似度最高为99.97%,HAdV-7型与2019年广州株(MT350344)相似度最高为99.95%,代表株中均未发现有明显重组现象。应对HAdV-B的进化和变异进行持续性监测研究。; 刘嘉婧张万菊崔晓青张靖翊房方皓陈敏滕峥; 关键词：全基因组序列分子特征

绿海龟丙肝病毒全基因组序列及其检测方法: 本发明提供了绿海龟丙肝病毒的全基因组序列及其检测方法，病毒全基因组序列全长为9430bp，GC含量为45％，此病毒基因组含有一个长的ORF，核苷酸位置在517‑9048，该ORF编码的前体多聚蛋白全长2843aa。绿海龟...; 吴山楠周宏史卫峰

林麝源酪黄肠球菌的分离鉴定及全基因组序列分析: 2025年; 【背景】酪黄肠球菌(Enterococcus casseliflavus)为肠球菌属(Enterococcus)中的一种机会性致病菌,其广泛存在于自然界中,但是目前林麝源酪黄肠球菌的相关研究甚少。【目的】对从病死林麝肝脏中分离出的一株酪黄肠球菌进行分离鉴定和全基因组测序,以期为林麝相关细菌性疾病的预防和治疗奠定基础。【方法】将病原菌分离并纯化后,对其进行生化试验、药敏试验、16S rRNA基因分析和细菌载量试验,并根据全基因组测序结果进行耐药基因、毒力基因注释及遗传进化分析。【结果】分离菌株经16S rRNA基因分析和平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)分类后判断其为酪黄肠球菌,生化试验结果与酪黄肠球菌的一般特性相符合,将分离株命名为Dec0527。菌株Dec0527对头孢氨苄、氨曲南、丁胺卡那、妥布霉素等药物耐药,对多西环素、四环素、氯霉素、复方新诺明和部分β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类药物敏感。细菌载量结果表明菌株Dec0527对肝脏的侵袭力明显高于心脏、肺脏、脾脏和肾脏。该菌株的基因组长度为3345060 bp,G+C含量为42.55%。菌株Dec0527携带ebpC、tufA、groEL、cpsA、cap8E、psaA等多种毒力因子,同时还携带对万古霉素、环丙沙星等多种药物耐药的基因,菌株Dec0527对氨基糖苷类、大环内酯类和β-内酰胺类药物存在耐药基因与耐药表型不完全相符的现象。此外,菌株Dec0527基因组还包含2个环状质粒和一个比较完整的噬菌体区域。【结论】从林麝肝脏分离出一株酪黄肠球菌并对其完成了全基因组测序及分析,为林麝相关疾病的防治提供了参考依据。; 杨凯惟丁慧马炳存李增婷伍茜刘洁罗燕; 关键词：林麝耐药性全基因组序列分析

水蜡A病毒丁香分离物的鉴定与全基因组序列分析: 2025年; 研究旨在明确侵染北京丁香(Syringa lindl)并引起褪绿、花叶、卷叶症状的病毒种类,以及其基因组分子特征和进化关系。利用小RNA深度测序和RT-PCR技术对病样进行检测分析。深度测序结果显示病样中检测到水蜡A病毒(ligustrum virus A,LVA)并获得该病毒序列全长。北京丁香分离物LVANXY的基因组序列全长8488 nt,北京丁香分离物LVA-HLG的基因组序列全长8478 nt。序列一致性分析表明,LVA-NXY、LVA-HLG基因组序列与中国沈阳市的东北连翘分离物LVA-DBLQ基因组序列相似度最高。未在已报道的7个LVA分离物中检测到重组事件。基于基因组序列的系统发育树显示LVANXY、LVA-HLG与LVA-DBLQ、沈阳紫丁香分离物LVA-DX共聚同一分支中,显示出较近的亲缘关系。本研究报道了侵染北京丁香的水蜡A病毒基因组的全长序列,探究了病毒基因组分子特征及进化关系,为该病毒遗传变异研究及丁香病毒病的防控提供理论依据。; 王昀轩刘丽孙春辉鲁书豪梁宇卿崔雯莉高佳仪李永强; 关键词：丁香小RNA 进化关系

山西地区鸽圆环病毒全基因组序列的测定与分析: 2025年; 为了解山西地区鸽圆环病毒(PiCV)的遗传演化特征,本研究从山西太原、晋中等地区鸽养殖场采集10份疑似感染PiCV的病料样品经常规处理后进行Cap基因的PCR检测。结果显示,从10份病料样品中检测到1份PiCV阳性样品,将鉴定的PiCV命名为SX01/Shanxi/2023株。通过PCR分段扩增SX01/Shanxi/2023株的全基因组序列并测序,利用SeqMan软件将序列拼接。结果显示,分别获得759bp和1560bp的目的片段,经测序拼接后获得了PiCV全长2038bp的全基因组序列。利用MegAlign软件分析PiCV全基因组序列的同源性;采用IQ-tree软件构建PiCV全基因组的遗传进化树;利用ClusterW软件分析PiCV全基因组编码氨基酸序列的变异;利用Simplot和RDP4软件对SX01/Shanxi/2023株进行重组分析。结果显示:SX01/Shanxi/2023株与国内外PiCV全基因组序列的同源性在84.6%~96.3%,其中与德国PiCVCoCV株同源性最高达95.1%,与我国陕西TF1/SN/2016株的同源性最高达96.3%。进化树结果显示,SX01/Shanxi/2023株与国内陕西TF1/SN/2016株及DS1/GS/2018株处于同一进化分支,亲缘关系较近。氨基酸序列分析结果显示,SX01/Shanxi/2023株Cap蛋白及Rep蛋白氨基酸序列与PiCV参考株相比均发生了部分氨基酸位点的插入、缺失或突变,其中Cap蛋白氨基酸序列变异多于Rep蛋白。重组分析结果显示,该株病毒是由陕西TF1/SN/2016株为主要亲本,陕西WL1/SN/2018株为次要亲本形成的重组病毒,重组断点位于nt520。基于IQ-tree软件构建的重组断裂点位点前后(nt1~nt520、nt521~nt2038)的进化树进一步验证了上述结果。本研究首次在山西地区检测到PiCV,丰富了PiCV分子生物学特征和流行病学研究内容,也为山西地区PiCV感染的防控提供了重要参考依据。; 张娟任鹏飞李兴高振王仲兵梁立滨; 关键词：全基因组遗传进化分析

一种基于全基因组序列的小麦条锈菌SNP纯合位点的分子标记及应用: 本发明公开了一种基于全基因组序列的小麦条锈菌SNP纯合位点的分子标记及其应用。该发明通过对全球28株小麦条锈菌基因组序列进行分析，与参考基因组进行比对，挖掘出了超过百万个SNP位点。经过测序深度筛选、连锁不平衡分析和杂合...; 胡小平李宇翔王强张思玥王梦冉李海杨冬岳景艳薛宇豪

广州市2023年13株登革病毒2型全基因组序列特征分析: 2025年; 目的分析2023年广州市登革病毒2型(dengue serotype 2 virus,DENV-2)分离株的全基因组序列特征,为本地登革热防控提供新的基础数据。方法使用C6/36细胞分离登革热患者血清中的登革病毒,使用纳米孔测序技术(Nanopore平台)对登革病毒进行全基因组测序,使用IPH-NANO v1.0软件对测序数据进行组装,使用BioEdit 7.0.9.0、MEGA 11、iqTree 1.6.12等软件对登革病毒基因组序列进行同源性分析、系统进化分析及氨基酸位点差异分析。结果从2023年广州市登革热患者的血清样本中分离得到13株DENV-2分离株(均来自本地感染病例);测序后拼接获得的全基因组序列长度范围为10429~10439 nt;13株分离株间的核苷酸(氨基酸)同源性为99.7%~99.9%(99.6%~99.9%);13株广州分离株的基因型均为Cosmopolitan型,且与法属留尼汪、吉布提、肯尼亚等地的分离株处于同一进化枝;与参考序列(NC001474)相比,13株分离株的C/prM/E蛋白区共有26个氨基酸位点出现差异,其中C蛋白区域有4个位点出现差异,prM蛋白区域有8个位点出现差异,E蛋白区域有14个位点出现差异。结论2023年广州市DENV-2分离株之间高度同源,与其亲缘关系较近的分离株主要来自法属留尼汪、吉布提、肯尼亚等国家(地区),提示需进一步研判源自东非、南亚等地区的登革热输入风险。; 马晋哲梁玉凤周志坚冯晓雯李芬香陈绮严华成万成松; 关键词：登革热登革病毒2型全基因组测序系统进化分析

云南省2023年活禽市场8株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析: 2025年; 目的深入研究2023年云南地区活禽市场中H9N2亚型禽流感病毒的分子生物学特性和演化趋势,为制定云南地区H9N2亚型禽流感的防控策略提供科学依据。方法采集2023年云南省活禽市场的环境标本进行H9N2亚型核酸检测,对阳性标本进行鸡胚病毒分离实验,对获得的8株分离株进行全基因组扩增、测序,并对其基因特征进行分析。结果 8株禽流感分离株的血红细胞凝集素(hemagglutinin,HA)裂解位点为PSRSSRGLF,为非连续性碱性氨基酸序列,符合典型低致病性禽流感病毒基因特征。HA蛋白左侧臂中发生Q234L、H191N突变,增强了与α-2,6唾液酸受体的亲和力,提示这些病毒可能具有感染人类的潜力。神经氨酸酶(neuraminidase, NA)蛋白颈部62-64位点发生TEI缺失,表现出高致病性分子特征。HA和NA基因中存在潜在糖基化位点的增加或缺失;非结构蛋白(nonstructural protein, NS)l未发生D92E突变,C-端缺失13氨基酸,表明其为低致病性禽流感病毒,传播至人类的风险较低。部分分离株的M1蛋白中发生T37A、R95K、S224N和K242N突变,增加了感染的风险,1株分离株的M2蛋白发生V27A或S31N突变,对M2离子通道抑制剂有耐药性。聚合酶碱性蛋白(polymerase basic protein, PB)1发生M317I、S678N突变,可能增强对小鼠的致病性,并具备感染哺乳动物的潜力;PB2蛋白发生I292V突变,表现出对哺乳动物更强的侵染能力。遗传进化分析发现,HA、NA、PB2基因片段属于Y280支系,核蛋白(nuclear protein, NP)、PB1基因片段属于F98支系,NH013分离株M基因片段属于F98,其他分离株的M基因、NS、聚合酶酸性蛋白(polymerase acidic protein, PA)基因均属于G1支系。结论 8株禽流感分离株表现出低致病性特征,但同时具备潜在的感染人类的风险。尽管HA蛋白的裂解位点和NS1蛋白突变表明其为低致病性病毒,但HA蛋白中的Q234L和H191N突变增强了对人源受体的亲和力,提示这些病毒具�; 刘照生伏晓庆罗春蕊赵晓南张美玲孙艳红陈瑶瑶韩晓宇倪瑞泽毛泽波周洁楠; 关键词：禽流感基因组

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