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全身器官代谢网络分析方法、装置、设备及存储介质
本申请涉及一种全身器官代谢网络分析方法、装置、设备以及存储介质。所述方法包括:采集受试者的PET图像,根据所述PET图像获取SUV图像、Ki图像以及TAC数据,并收集受试者的生理信息、临床病理信息以及日常习惯信息;基于感...
胡战利王海燕梁栋郑海荣
脱氮副球菌基因组规模代谢网络模型的构建及分析方法
本发明公开了脱氮副球菌基因组规模代谢网络模型的构建及分析方法,属于系统生物学技术领域。所述方法包括:全基因组注释;获取脱氮副球菌的全局代谢反应数据;基于KEGG数据库中脱氮副球菌的物种代码和基因组注释结果,自动检索基因组...
邓禹周胜虎曹文妍徐沙柴丽娟毛银
一种脑代谢网络震中检测方法及装置
本发明提供一种脑代谢网络震中检测方法及装置。所述方法包括以下步骤:基于健康受试者的MRI脑成像数据建立健康脑网络,包括脑网络节点相同的结构网络和功能网络;基于疾病患者及健康受试者的FDG‑PET脑影像数据,计算每个脑网络...
武力勇褚敏聂彬彬
细胞生理代谢网络模型重构和优化的进展
2025年
细胞中自发或由酶催化的代谢反应组成了高度复杂的代谢网络,其与细胞生理代谢活动运作密切相关。细胞生理代谢网络模型的重构有助于从系统层面上解析基因型与生长表型之间的关联,为细胞生理代谢活动精准刻画与生物绿色制造等研究提供重要的计算生物学工具。本文系统介绍了全基因组尺度代谢网络模型(genome-scale metabolic models,GEMs)、动力学模型、酶约束代谢模型(enzyme-constrained genome-scale metabolic models,ecGEMs)等不同类型细胞生理代谢网络模型发展与应用的最新研究进展;同时还介绍了GEMs自动化构建研究进展以及条件特异性GEMs建模策略。人工智能技术为高精度细胞生理代谢网络模型构建提供了全新机遇,本文进一步总结了人工智能技术在动力学模型和酶约束模型构建等领域的应用。各类细胞生理代谢网络模型的高质量重构将为今后的定量合成生物学与系统生物学等研究提供强大计算支撑。
肖陆驰鲁洪中
关键词:动力学模型
一种动态酶约束基因组规模代谢网络模型构建方法
本发明公开了一种动态酶约束基因组规模代谢网络模型构建方法,包括以下步骤:步骤S1,确定动力学模型,得到反应通量以及代谢物随时间变化的具体数值;步骤S2,根据不同反应通量对ecGEMs中相同反应进行上下界约束,通过FBA求...
颜学峰鲁洪中曹凌峰范星存廖文彬
一种动态代谢网络的群组发现方法和装置
本发明涉及生物分析技术领域,公开了一种动态代谢网络的群组发现方法和装置,引入了时间平滑度的概念来解决动态网络中群组结构的不稳定性问题,提高了群组结构的稳定性和准确性。基于进化聚类和半非负矩阵分解的思想,该模型将节点相似度...
余建兴张轩铭沈知雨艾陶侯一鸣印鉴
基于原子团追踪的代谢网络分支路径排序方法
本发明公开了一种基于原子团追踪的代谢网络分支路径排序方法。1.通过分支合并基于原子团追踪得到的线性路径生成分支路径;2.通过提取63个已知代谢网络的高频反应段构建原始反应段词典;3.计算出高频反应段的信息熵与互信息;4....
谢雨丝卢吉晓黄毅然
一个基于模块化思维构建个性化多约束代谢网络模型的工具包
本发明涉及系统生物学技术领域,具体地说,涉及一个基于模块化思维构建个性化多约束代谢网络模型的工具包。其包括Core模块用于定义和管理工具包中的核心对象和结构,构建扩展多约束代谢网络模型;Analysis模块提供对模型进行...
毛志涛马红武赵剑箫廖小平袁倩倩王若宇史振坤
一种基于机器学习和代谢网络重建的抗具核梭杆菌的合成群落及应用
本发明属于抗菌策略的合成生物或生物制造技术领域,具体涉及一种基于机器学习和代谢网络重建的抗致病菌合成群落设计方法,所述的方法包括微生物分析、代谢组分析、细菌基因组分析、机器学习预测、最小群落设计,合成群落竞争与互补指数评...
陈朋周忠坤杨梦悦张百卓方红
一种兼具碳原子经济性和能源生成途径的混合型中心代谢网络底盘细胞及其构建方法和应用
本发明公开了一种兼具碳原子经济性和能源生成途径的混合型中心代谢网络底盘细胞及其构建方法和应用,属于基因工程和微生物技术领域。本发明通过对大肠杆菌中心代谢网络进行重构,使其同时具有碳封存模块和能源生成模块。碳封存模块在避免...
赵广郭李坤隋新悦刘敏毕钰佳

相关作者

丁德武
作品数:39被引量:52H指数:4
供职机构:池州学院
研究主题:代谢网络 复杂网络 系统生物学 中心化 生物网络
马红武
作品数:93被引量:230H指数:10
供职机构:中国科学院天津工业生物技术研究所
研究主题:代谢工程 代谢网络 苏氨酸 补料发酵 生物制造
须文波
作品数:493被引量:2,009H指数:19
供职机构:江南大学物联网工程学院
研究主题:QPSO QPSO算法 粒子群优化 量子粒子群算法 遗传算法
赵学明
作品数:228被引量:1,181H指数:21
供职机构:天津大学化工学院
研究主题:核黄素 代谢工程 乳酸乙酯 枯草芽孢杆菌 乳酸
闻建平
作品数:186被引量:567H指数:13
供职机构:天津大学化工学院
研究主题:环流反应器 达托霉素 含氨废水 菌株 基因工程菌