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普通野生亚洲栽培种质资源中Hsp101基因的遗传变异分析
2024年
【目的】Hsp101基因是调控水耐热性的关键基因,然而其在水种质资源中的遗传变异和演化模式所知有限。分析Hsp101基因在普通野生亚洲栽培中的遗传变异,为发掘优良的耐热基因资源奠定基础。【方法】利用检索和整理得到的3325份普通野生亚洲栽培种质资源基因组测序数据,使用基因组重测序分析所得到的单核苷酸多态性(SNP)和小片段插入缺失(InDel)变异开展Hsp101基因的遗传多样性和基因变异单倍型分析。【结果】基于基因组重测序分析得到的高质量遗传变异数据,在Hsp101基因区间内检测到471个遗传突变位点,其中能改变氨基酸编码的非同义变异位点有94个,遗传多样性和群体间分化指数分析表明栽培中的遗传多样性明显较低,普通野生与籼和粳的遗传分化明显。单倍型分析共发现8种主要单倍型,普通野生含有除Hap6外的7种单倍型,籼单倍型以Hap1为主,粳单倍型以Hap2为主。进一步对单倍型进行网络分析和系统发育树分析,发现野生单倍型Hap8可能是Hsp101较为古老的等位基因。此外,对3个籼粳间的遗传变异位点进行PCR扩增测序的验证,发现Hsp101基因在籼和粳中的特异变异是存在的。【结论】发掘鉴定了Hsp101基因上的94个非同义变异及8种主要的基因变异单倍型。该基因的栽培单倍型均由野生单倍型演化而来,籼与野生的分化程度比粳和野生的分化程度更低,推测籼的遗传分化时间比粳早,籼和粳在Hsp101基因位点的遗传差异可能与所处环境的自然温度胁迫相关。
刘悦江立群吕树伟孙炳蕊李晨刘清于航
关键词:水稻亚洲栽培稻普通野生稻种质资源
亚洲栽培结构变异图谱构建及种质特有基因挖掘
张雨露
亚洲栽培5种不同生态类型与籼粳间的杂种F1育性研究
2023年
为全面系统地研究亚洲栽培种内不同生态类型材料与籼、粳亚种杂交育性,对19份包含亚洲栽培种内5种不同生态类型品种与云南温带粳品种滇粳优1号及国际水所选育的籼品种IR64的杂种F1育性进行分析.结果表明,亚洲栽培不同类型中,温带粳与籼亚种间普遍存在杂种不育,温带粳与热带粳间、籼籼部分组合也存在杂种不育,Aus类型与籼、粳亚种的杂种不育程度与品种相关.研究结果为系统研究亚洲栽培不同生态类型与籼、粳间杂种不育奠定了基础,为认识亚洲栽培的分化提供证据,并为利用亚洲栽培种内丰富的遗传变异来培育新品种、新组合提供理论指导.
王杰周家武李静杨莺浦秋红吕永刚邓先能黄望启王敏张玉陶大云
关键词:亚洲栽培稻生态类型杂种不育
亚洲栽培的进化及其受选择或丢失区域的耐盐胁迫基因筛选研究
野生是一个天然的基因宝库,在面对全球环境不断恶化,人口不断增长的挑战中,利用野生优良基因来弥补栽培的遗传单一性是培育高产、稳产且抗逆胁迫水新品种的有效策略。因此,探究栽培驯化的遗传机制,揭示水驯化的历史,借以...
陶欢
关键词:野生稻进化转录组盐胁迫
亚洲栽培籼粳亚种间杂种不育的遗传基础
亚洲栽培以籼和粳两个亚种为主,但其种内存在丰富的变异,是世界上最重要的粮食作物之一。水增产对保障我国乃至世界的粮食安全和提高人民生活水平具有极其重要的作用,但在很长一段时间以来,水产量出现了徘徊不前的局面。现阶...
王杰
关键词:亚洲栽培稻生态类型杂种不育基因定位
亚洲栽培与其野生祖先种的表型多样性初步研究
普通野生(Oryzarufipogon)、尼瓦拉野生(O.nivara)是亚洲栽培(O.sativa)公认的野生祖先,是水遗传改良极其重要的优异基因来源。本研究对来源于30个国家与地区的普通野生、尼瓦拉野生与...
李佳月
关键词:普通野生稻亚洲栽培稻表型多样性
亚洲栽培与普通野生miRNA的变异与进化初步研究
MicroRNA(miRNAs)是一类在基因转录后起重要调控作用的非编码RNA。大量研究表明,miRNAs在生物的许多生命活动和代谢活动中起着至关重要的作用。随着高通量测序技术的发展,许多物种特异的miRNAs被鉴定出来...
李可胜
关键词:野生稻亚洲栽培稻MIRNAS基因变异物种进化
一种创建亚洲栽培与非洲栽培种间杂种亲和系的方法和应用
本发明公开了一种基于基因编辑技术创建亚洲栽培与非洲栽培种间杂种亲和系的方法及其在水远缘杂种优势中的应用。即针对水种间杂种不育<I>S1</I>座位的非洲候选基因<I>OgTPR1</I>选取合适的基因编辑位点,...
陈乐天刘耀光谢勇尧黄健乐
非洲栽培亚洲栽培中非生物胁迫抗性基因的功能性核苷酸多态性
是全世界一半以上人类的主食。但是水是在相对良好的环境条件下驯化的,对大部分非生物逆境较敏感,所以复杂多变的非生物逆境是限制水生长发育、生物产量及品质的主要因素之一。本研究选取了非洲栽培5份、非洲新4份、非洲栽...
席锟
关键词:非生物胁迫抗性基因DNA序列
亚洲栽培基因组结构变异图谱及其在群体遗传分析上的应用
吴志超

相关作者

王象坤
作品数:159被引量:2,505H指数:34
供职机构:江苏焦点农业科技有限公司
研究主题:水稻 普通野生稻 栽培稻 野生稻 核心种质
孙传清
作品数:221被引量:1,863H指数:29
供职机构:中国农业大学
研究主题:水稻 编码基因 普通野生稻 野生稻 引物
陶大云
作品数:70被引量:203H指数:8
供职机构:云南省农业科学院
研究主题:陆稻 水稻 亚洲栽培稻 非洲栽培稻 种间杂种
周家武
作品数:33被引量:46H指数:5
供职机构:云南省农业科学院
研究主题:亚洲栽培稻 非洲栽培稻 种间杂种 水稻 栽培稻
胡凤益
作品数:67被引量:148H指数:7
供职机构:云南省农业科学院
研究主题:水稻 陆稻 多年生 亚洲栽培稻 种间杂种